RNF144A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的表达及临床意义

* 548 *

•论 "•

基因在皮肤恶

现代医药卫生

2021

年

2

月第

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卷第

4

期

JModMedHealth，Febmary 2021

，

V

〇

1.37

，

N

〇

.4

RNF144A

性黑色素瘤中的表达及临床意义

"

王智浩1，曹如柔1，蒋帆1，刘韵1，蒋益兰2#

(1.湖南中医药大学研究生院，湖南长沙410208#.湖南省中医药研究院附属医院肿瘤科，湖南长沙410006)

RNF144A

基因在皮肤恶性黑色素瘤（

SKCM)

中的表达及在诊断和治疗中的潜在意

义％方法通过

GEIBA

网站和

Ornomine

数据库分析

RNF144A

基因在常见肿瘤及

SACM

中的表达情况，基于

UALCAN

数据

库对

RNF144A

基因在

SACM

中表达进行样本类型、肿瘤分期、年龄、体重、性别、种族的亚组分析，通过

OncoLnc

网站绘制

RNF144A

基因表达与

SACM

患者生存周期相关曲线，基于

UALCAN

数据库查找在

SACM

中

RNF144A

的共表达基因，通过

String

数据库分析

RNF144A

基因的蛋白相互作用及上下游调控关系％结果

RNF144A

基因的差异性表达分析发现，

RNF144A

基因在

SKCM

、急性髓系白血病、胃腺癌、胸腺瘤中高表达，在宫颈轉癌和腺癌、子宫内膜癌、子宫内膜肉瘤中低表达，并且

SACM

的肿瘤组和正常组中

RNF144A

基因表达存在显著差异％亚组分析发现，

SACM

男性患者的

RNF144A

基因表达高于女性患者；

生存分析发现，

SACM

中

RNF144A

高表达组患者生存周期明显短于低表达组；基因共表达分析发现，

Pearson-CC

大于

0. 5

的基

因共表达基因有

602

个；蛋白质网络分析发现，

RNF144A

基因可能与

PRKDC

、

UBC

、

RPS27A

、

UBB

、

UBA52

、

UBE2L3

、

CMPK2

、

TSSC1

、

MRPL37

、

RNFT2

等蛋白相互作用％结论通过数据挖掘发现，

RNF144A

在

SACM

组织中高表达，参与肿瘤的发生、发

要目的通过数据库数据分析

展，与患者预后显著相关，可作为诊断和治疗的潜在乾点％

[

摘

]

[

关键词

]

皮肤恶性黑色素瘤

# RNF144A#

DOI

：

10. 3969". issn. 1009-5519. 2021. 04. 003

文章编号：

1009-5519(2021)04-0548-05

泛素化；数据挖掘

中图法分类号：

R739. 5

文献标识码

：A

Expression of RNF144A gene in skin cutaneous melanoma and its clinical significance*

WANG Zhihao1，CAO Rurou1，JIANG Fan1，LIU Yun1，JIANG Yilan2#

(1. Graduate School，Hunan University of Chinese Medicine

，

Changsha，Hunan 410208 , China

；

2. Department of Oncology，the Affiliated Hospital of Hunan Academy of

Chinese Medicine

，

Changsha，Hunan 410006

，

China)

[Abstract] Objective To analyze the expression and potential significance of RNF144A gene in the diagnosis and treatment

of skin cutaneous melanoma (SKCM) by database data. Methods The expression of RNF144A gene in common tumors and SKCM

was analyzed through the GEPIA website and Oncomine database. Based on UALCAN database , subgroup analysis of RNF144A

gene expression in SKCM included sample type , t umor stage , age , weight , s ex and race was conducted. Overall survival curve of dif­

ferent expression levels of RNF144A in SKCM plotted through the OncoLnc website. Based on UALCAN database , t he co-expres­

sion genes of RNF144A in SKCM were found. The protein-protein interaction and upstream and downstream regulatory relationship

of RNF144A gene were analyzed through the String database. Results It was found that RNF144A gene had high expression in

SKCM , acute myeloid leukemia ? gastric adenoma ? t hymus tumor , which had low expression in cervical squamous and adenocarcino­

ma ,endometrial cancer，endometrial sarcoma，and there were significant differences in RNF144A gene expression between the

tumor group and normal group of SKCM by the differential expression analysis. RNF144A expression in male SKCM patients was

higher than that in female patients through subgroup analysis. Overall survival of patients in the RNF144A h

of SKCM was significantly shorter than that in the low expression group through survival analysis. 602 c

found which Pearson-CC was greater than 0. 5. Protein interactions , for examples PRKDC , UBC , RPS27A , UBB , UBA52 , UBE2L3

，

CMPK2 , TSSC1 , MRPL37 and RNFT2 were found through protein network analysis , r elated with RNF144A acted in SKCM. Con­

clusion Through data mining , RNF144A is highly expressed in SKCM and participates in the development of tumor , which is sig­

nificantly related to the patients prognosis and can be used as a potential target for diagnosis and treatm

[Key words] Melanoma of the skin

；

RNF144A gene

；

Ubiquitin

；

Data mining

皮肤恶性黑色素瘤（

SKCM

)是恶性程度很高、侵 袭能力很强，发生在皮肤中的恶性肿瘤，占所有皮肤

*

基金项目：国家自然科学基金项目（

81774287

)。

作者筒介

：

王智浩

#994

一）

，

硕士研究生在读，主要从事中医药防治恶性肿瘤方面的研究

。#

通信作者

，

E-mail: tianShaiigen624®

163. com

。

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，

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1.37

，

N

〇

.4

• 549 •

恶性肿瘤的5

U

，是死亡率最高的皮肤癌类型[1]。虽

性 素 使

SKCM

的

中的重要

：

率有所下降，但

RNF

144

A

基因是泛素化

[46]。

基因

素化过

、核酸损伤

癌[13]等疾病中

法，分析

RNF

144

A

在

SKCM

的发病率依

基因

续增加[23]。

成员，参与蛋白质定位、转运、修饰及蛋白质间的相互

及细胞

[7 9]。有

控、染色体有

发现，

RNF

144

A

[12]、乳腺

的方

金森病[10]、肺纤维化[11]、心力

。本研究采

SKCM

中的作用及对其预后的

RNF

144

A

in

SKCM

的界面中

，LowerPercentile

和

Upperpercentile

分别输入 50、50。

1.5

SKCM

中

RNF

144

A

基因的共表达基因通过

UALCAN

数据库（

http

://

ualcan

.

path

.

uab

.

edu

)查

找

SKCM

中

RNF

144

A

基因的共表达基因。进入网

站后，在

TCGAanalysis

界面输入

RNF

144

A，TCGA

dataset

选择

SKCM

，然后在

Links

for

analysis

栏选

择

Correlation

。

1.6

String

蛋白网络分析

String

蛋白网络分析可

预测蛋白质与蛋白质相互调控网络[18]。通过

String

影响，为

SKCM

的精准诊断及 提供 。

1资料与方法

1. 1

RNF

144

A

基因在不同肿瘤组织中表达差异性

分析

GEPIA

是基于

TCGA

和

GTEx

数据库中的肿

[EPIA

和正常样本 基因表

gepia

的网站[14]。 过

数据库

（http

://2.

cancer

-

pku

.

cn

)分析

不同肿瘤间

RNF

144

A

基因的差异性表达。进入网站

后选择

erallnformation

single

gene

analysis

，输入

RNF

144

A

，在

Gen

-

中查看分析结果。

1. 2

Oncomine

RNF

144

A

基因在

SKCM

中表达差异性分析

数据库是癌症微阵列数据库和基于

Web

的 ，可 过 库 和病

理学 索，采用〖检验的方 差异 [15]。

通过

Oncomine

数据库（

http

:/ /

www

.

oncomine

.

org

)

分析

SKCM

组织与癌旁组织中

mRNA

差异性表达。

检索条件：（1)

analysis

Analysis

type

:

Melanoma

仍

.Normal

Data

;#)

Cancer

type

：

Cutaneous

melanoma

； (3)

type

:

mRNA

; (4

)Concept

type

:

(Oncomine

Over-expression

concepts

)。

1. 3

RNF

144

A

基因在

UALCAN

SKCM

中表达的亚组分析

数据库是使用癌症基因组图谱

（TCGA

) 3

级

RNA

-

seq

和来自31种癌症类型的 基

因、临床表型及疾病 入 的交互式网 1

户[16]。通过

u

UALCAN

数据库

（h

tt

p

:/

/u

alca

n

.

p

at

h

.

a

b

.

edu

)对

RNF

144

A

基因在

SKCM

中的表达进行

样本类型、肿瘤分期、年、体重、性别、种族的亚组分

析，以箱线图展示。进入网站后，在

TCGA

a

n

alysi

s

界

面输入

RNF

144

A

，

TCGAd

atase

t

选择

SKCM

，然后

在

L

in

ks

f

o

r

an

alysi

s

栏选择

E

x

p

ressio

n

。

1.4 基于

OncoLnc

网站进行生存分析

OncoLnc

网站包含了

TCGA

进行的21项癌症研究中8 647例

的生存数据，用户能 过基因表达区分患者并

进行

Kaplan

-

Meier

生存分析[17]。通过

OncoLnc

网

站

（http

://

www

.

Oncolnc

.

org

)绘制

RNF

144

A

基因

表达与

SKCM

患者生存周期相关曲线。进入网 ，

输入

RNF

144

A

，选择

SKCM

，在

Kaplan

plot

for

数据库（

https

://

string-db

.

org

/)预测

RNF

144

A

蛋

白的上下 控蛋白及蛋白间的相关调控关系。检

索条件：#)

Porteinname

:

RNF

44

A

; #)

Organism

:

auto

-

detect

。

2 结果

2. 1

RNF

144

A

基因在不同肿瘤类型中的差异性表

达通过

GEPIA

数据库分析发现，

RNF

144

A

在急性

髓系白血病（

LAML

)、

SKCM

、胃腺癌（

STAD

)、胸腺

瘤（

THYM

)中高表达，在宫颈鳞癌和腺癌（

CESC

)、子

宫内膜癌（

UCUC

)、子宫内膜肉瘤（

UCS

)中低表达。

图 1。

2. 2

RNF

144

A

基因在

SKCM

中表达差异性分析

通过

Oncomine

数据库分析

SKCM

中

RNF

144

A

基

因转录水平，共有2个数据源，分别来自

RIKER

等[19]和

TALAN

TOV

等[20]研究，共计137个样本

(图2)。对这些数据进行差异性分析发现，

RNF

144

A

的

mRNA

SKCM

中 表 ， 与 其 正 常 组 织

中的表达比较，差异有统计学意义

(P

= 0. 001)。

图

1 GEPIA

数据库中

RNF144A

在不同肿瘤

中差异性表达

• 550 •

基于两组

SKCM

分析的全基因比较

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2

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4

期

JModMedHealth，Febmary 2021

，

Vol.37

，

No.4

析通过

UALCAN

网站对

RNF

144

A

基因在

SKCM

中表 本类型％ 、年龄、体重、性别、种

族的亚组分析，发现

RNF

144

A

在男性

SKCM

患者中

的表达明显高于

RNF

144

A

在女性

SKCM

患者中的

表达存在显著差异（

P

= 0. 003$图3

C

$在其余亚组

即 本类型的

SKCM

中％ 的

高銳

中位值

1394.5

1397.5

1404.0

1408.0

1411.5

1412.5

1416.0

1418.0

1420.5

1424.5

1425.0

1426.5

1429.0

1432.0

1437.0

1438.0

1439.5

1443.5

1446.5

1451.5

P

基因

0.001 |RNF144A|

0.011

0.002

0.002

0.004

0.001

0.010

0.001

0.005

0.001

0.002

0.003

0.005

0.011

0.003

0.001

0.001

0.002

0.001

0.003

CDCA8

FEN1

COX4NB

HSPA8

BGN

MCM3

ACOT9

MELK

ASXL1

SIRPA

KIF20A

MEF2D

FAM65A

EMP3

IGL

你

DZIP1

PLEKHB2

CPSM3

MICA

SKCM

中、不同种族的

SKCM

中、不同年龄的

SKCM

中、不同体重的

SKCM

中

RNF

144

A

的表达差异无统

计学意义（图 3

A

、3

B

、3

D

、3

E

、3

F

)。

2.4 基于

OncoLnc

网站的生存曲线通过

On

-

coLnc

网站绘制

RNF

144

A

基因表达与

SKCM

患者

生存周期相关曲线

，

RNF

144

A

高表达组与低表达组

样本各有229例，绘制生存曲线发现（图4 )，

低，差异有统计学意义（

P

=0. 00 165)。

2.5

RNF

144

A

高表达组 生存 表达组明显降

分析滅

1 • Cutaneous Melanoma vs. Normal

Riker Melanoma, BMC Med Genomics, 2008

2. Cutaneous /Adanoma vs. Normal

Talantov Melanoma, Clin Cancer Res, 2005

■ ■□□□□□□□

图

1 5 10 25 25 10 5 1

□嫌以测最

2 Oncomine

数据库中在

SKCM

中基因差异性表达

SKCM

中

RNF

144

A

基因的共表达基因通过

UALCAN

数据库查找发现

P

earso

n-CC

大于0. 5的

基因有602个

，

按

P

earso

n-CC

降序排列，选取前25

个基因，绘制

RNF

144

A

基因在

SKCM

中共表达基因

的热图（图5$这些基因分别是

PRKCE

、

C

2

o

?29、

HMG

20

A

、

USP

39、

SLC

35

E

3、

KCMF

1、

POLR

1

A

、

MSI

2、

RNF

115、

PTCD

3、

LRPPRC

、

C

2〇

rf

44、

PNO

1、

UBXN

2

A

、

POLR

2

D

、

MARS

2、

E

2

F

6、

PPP

3

R

1、

C

2

o

?43、

FAM

168

B

、

CTBP

2、

ADSS

、

GPN

1、

IMMT

。

2. 3

RNF

144

A

基因在

SKCM

中基因表达的亚组分

每

百

万

条

每

百

万

条

reads

reads

的

转

录

本

，

_

_

_

_

_

_

_

_

_

■

的

转

录

本

(TPM

)

(TPM)

每

百

万

条

丄

|

A

C

-

謂

每

百

万

条

reads

reads

的

转

录

本

!

的

转

录

本

:

_

(TPM)

(TPM)

正丨常

(n=1)

20~<40^

(n=60)

40~士60岁

(n=185)

TCGA样本

60~<80^

(n=179)

80-100^ '

(n=31)

F

S

(n=1)

正常 1»重

(n=77)

SB

(n=85)

TCGA样本

S

(n=66)

RSEW~

(n=10)

A.

不同样本类型的

SKCM

中

RNF144A

的表达；

B.

不同肿瘤分期的

SKCM

中

RNF144A

的表达；

C.

不同性别的

SKCM

中

RNF144A

的表达

;

D.

不同种族的

SKCM

中

RNF144A

的表达；

E.

不同年龄的

SKCM

中

RNF144A

的表达；

F.

不同体重的

SKCM

中

RNF144A

的表达；与男性患者比

较，

aP

〈

0. 05

。

图

3 RNF144A

基

SKCM

中表达的亚组分析

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3讨 论

• 551 •

SKCM

是恶性程度最高的恶性肿瘤之一[21]。目

前，针对

SKCM

的靶向治疗及免疫疗法取得了突破性

，并在早期诊断和

步，但

方面 可忽视的进

60

(％)

腾

坻

别

SKCM

的预后依 乐观，尤其远处转移的

患者，3年生存率不足20%[22 23]。

RNF

144

A

基因是蛋白质泛素化家族基因中的重

要成员。泛素化是

图

4 RNF144A

基因不同表达水平的

SKCM

患者

DNA

-

PKCS

相互作用并降解，维持

EGFR

信号传导，

在

D

N

A

损伤过程中促进细胞凋亡，在细胞内稳态中

质的翻译 ，可与细胞质

总体生存曲线

正

原

转

常

发

移

组

肿

肿

织

瘤

瘤

组组

织

织

图

5 SKCM

中

RNF144A

基因的共表达基因热图

2.6

RNF

144

A

基因上下游关系预测在

String

网

站中，分析

RNF

144

A

基因上下游关系，得到相应的关

系网络图（图 6

)，

PPI

富集

P

值（

PPI

enrichment

Jval

-

ue

PRKDC

)

= 0. 03

UBC

13

。

相 点数共有11个

，

分别为

、、

RPS

27

A

、

RNFT

UBB

、

UBA

52

、

UBE

2

L

3

、

CMPK

2

、

TSSC

1

、

MRPL

37

、

2

。

RNF

144

A

基因主

要参与 质代谢和蛋白质泛素化

。

E

3泛素 连

酶以硫酯的形式从

E

2泛素结合酶

UBE

2

L

3和

UBE

2

L

6

受泛素

，

素 目标底物

。

图

6 RNF144A

与上下游基因调控关系

发挥核 （4 25]。有证据表明， 素化 性

RNF

的 及 中存在巨大潜力[26 27]，但

144

A

基因与

SKCM

的相关性研究尚缺乏相关

报道。

本文通过[

EPIA

网站和

Oncomine

数据库分析

发现

RNF

144

A

基因在

SKCM

中高表达，基于此结

论，

RNF

144

A

基因有可能成为一个

SKCM

分子诊断

的新的生物学标记物。基于

UALCAN

数据库对

RNF

144

A

基因在

SKCM

中表达进行样本类型、肿瘤

分期、年龄、体重、性别、种族的亚组 ，发现男性患

者的

coLnc

RNF

144

A

基因表达高于女性患者。基于

On

-

网站的生存分析发现

RNF

144

A

基因高表达组

患者生存周期明显短于低表达组，提示

RNF

144

A

基

因的表达与

SKCM

的预后显著相关，证明了

RNF

144

A

基因可作为

SKCM

治疗的潜在靶点。基

于

UALCAN

数据库的共表达基因发现

RNF

144

A

基

因在

SKCM

中存在众多的共表达基因，为进一步的分

子机 拓 的 。通过

String

网络

分析发现，

RNF

144

A

可能与

PRKDC

、

UBC

、

RPS

MRPL

27

A

、

UBB

、

UBA

52、

UBE

2

L

3、

CMPK

2、

TSSC

1、

37、

RNFT

2等蛋白相互作用，这为

RNF

144

A

基因表达调控研究提供了方向。

RNF

本研究使

A

库及在线分析工具分析了

144与

SKCM

之间的相关性，发现

RNF

144

A

在

SKCM

中高表达，参与肿瘤发生

、

发展的调控，为进

一

步实验验证提供了理论依据，同时为

SKCM

精准诊

断及 提供 的 。

参考文献

(]

林千里，张文俊，汪汇，等

.

皮肤黑色素瘤流行病学及防治研究进

展（

].

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2019

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