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2024年1月24日发(作者：input标签不包含哪些表单控件)

openbabel使用方法

openbabel是一款开源的化学转换工具，支持在分子数据之间进行转换，以及从一些常用的分子描述符中生成分子结构。以下是openbabel的使用方法：

1. 安装：

你可以使用Anaconda安装openbabel，或者从源代码编译安装。Anaconda的命令如下：

```css

conda install -c conda-forge openbabel

```

如果你想从源代码编译安装，需要访问官方的源码下载地址去下载一个适合本地硬件设备和软件版本的源码压缩包，解压并编译。

2. 转换格式：

使用openbabel将xyz格式文件转换成pdb格式文件：

```css

obabel -o pdb -O

```

支持118种格式，如xyz、mol、mol2、pdb、smi，Gaussian文件gjf、log、fchk，ChemDraw文件cdx等。

3. 转换SMILES：

使用openbabel将SMILES字符串转换为mol文件：

```css

obabel -:SMILES字符串 --gen3d -omol -O

```

SMILES会默认补氢至饱和，将C补成甲烷。若要得到单个碳的mol文件，需要将C补成甲基。此外，也可以将多个文件的SMILES转换为单个文件的SMILES。

4. 生成结构式的图像：

使用openbabel将分子结构转换为图像：

```css

obabel "C([CH](C(=O)O)N)S" -opng -O

```

还可以生成矢量图像。此外，还可以将文件直接转换为图像。

5. 配合Gaussian使用：

从SMILES直接生成Gaussian输入文件：

```css

obabel -:CC --gen3d -ogjf >

```

此外，还可以从已有的log文件中得到下一步的输入文件。


本文标签： 转换 文件 使用 生成 源码

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