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2024年12月28日发(作者:smart原则的五个要点)
蛋白质(仅供参考)
Protein:蛋白质(protein)是由许多氨基酸(amino acids)通过肽键(peptide bond)相连形成的高
分子含氮化合物。
肽(peptide):是由氨基酸通过肽键缩合而形成的化合物。
氨基酸等电点 (isoelectric point, pI): 在某一pH的溶液中,氨基酸解离成阳离子和阴离子
的趋势及程度相等,成为兼性离子,呈电中性。此时溶液的pH值称为该氨基酸的等电点。
Primary structure of protein:多肽链中氨基酸的排列顺序,包括氨基酸的种类、数目、排列顺
序以及二硫键的位置。
一级结构与功能:
(1)蛋白质分子的一级结构是形成空间结构的基础,其生物学功能是由蛋白质分子特定的天
然空间构象所决定的
(2)一级结构中关键氨基酸残基的改变会影响蛋白质的功能,所以一级结构是蛋白质空间构
象和特异生物学功能的基础。
(3)一级结构相似的多肽或蛋白质,空间构象及功能也相似
蛋白质的二级结构(secondary structure:蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构,即该段肽链
主链骨架原子的相对空间位置(并不涉及氨基酸残基侧链的构象) 。
蛋白质的三级结构(tertiary structure ):整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置。即肽链
中所有原子在三维空间的排布位置。
蛋白质的四级结构(quaternary structure ):蛋白质分子中各亚基的空间排布及亚基接触部位的
布局和相互作用,称为蛋白质的四级结构。
肽链中的氨基酸分子因为脱水缩合而基团不全,被称为氨基酸残基(residue)。
-螺旋 (-helix):多肽链的主链围绕中心轴上升,呈有规律的右手螺旋,是一种常见的较为稳
定、也较为致密的二级结构。其中螺旋3.6氨基酸/圈、螺距0.54nm,由氢键稳定螺旋。
-片层 (- pleated sheet):两条或两条以上的肽段平行或反向平行排列,依次折叠成锯齿状,
肽链间形成氢键,与折叠长轴基本 垂直,稳固-片层,是肽链较为延展和松弛的结构。
模体(motif):又叫模序、基序、基元。 是蛋白质分子空间结构中两个或两个以上有二级结构的
肽段,在空间上相互接近,形成一个有规则的二级结构组合,是具有特殊功能的超二级结构。
结构域(domain):大分子蛋白质的三级结构常可被分割折叠成多个较为紧密的区域,并各行使其
功能,称为结构域(domain) 。
蛋白质的变性(denaturation):在某些物理和化学因素作用下,其特定的空间构象被破坏,也即有
序的空间结构变成无序的空间结构,从而导致其理化性质改变和生物活性的丧失。变性的本质是破
坏非共价键和二硫键,不改变多肽链的氨基酸序列。
变性、沉淀和凝固的关系:
变性蛋白质不一定沉淀;沉淀蛋白质不一定变性;沉淀蛋白质也不一定凝固;但凝固的蛋白质一定
已变性,且为不可逆变性
蛋白质胶体稳定的因素:颗粒表面电荷 、水化膜。
核酸
核酸(nucleic acid) 是以核苷酸为基本组成单位的生物大分子,携带和传递遗传信息。
核酸的一级结构:核酸中核苷酸从5'末端到3'末端的排列顺序。
deoxyribonucleic acid(脱氧核糖核酸)
double helix –双螺旋结构:DNA是反向平行、右手螺旋的双链结构 DNA双链之间形成了互补碱
基对,疏水作用力和氢键共同维持DNA。
Genome(基因组):指单倍体细胞核、细胞器或病毒粒子所含的全部DNA分子或RNA分子。
真核生物染色体由DNA和蛋白质构成,其基本单位是 核小体(nucleosome)。
DNA变性:在某些理化因素作用下,DNA双链解开成两条单链的过程。不改变其核苷酸序列。
DNA复性(renaturation)的定义:在适当条件下,变性DNA的两条互补链可恢复天然的双螺旋构
象,这一现象称为复性。
核酶:某些小RNA分子具有催化特定RNA降解的活性,这种具有催化作用的小RNA亦被称为核
酶(ribozyme)或催化性RNA(catalytic RNA)。
核酸酶是指所有可以水解核酸的酶(本质为蛋白质)
核酸分子杂交(hybridization) :不同来源的DNA单链分子或RNA分子如果存在着一定程度的碱基
配对关系,在适宜的条件,可以在不同的分子间形成杂化双链(heteroduplex)的过程。
酶
酶(enzyme ,E):是由活细胞合成的、对其特异底物(substrate ,S)起高效催化作用的蛋白质,
是机体内催化各种代谢反应最主要的催化剂。
多功能酶(串联酶): 由一条多肽链组成的,具有多种不同功能的酶。
辅酶(coenzyme):非蛋白质成分(小分子有机化合物), 参与酶催化过程中电子、质子或基团传
递, 分子结构中常含有维生素类物质, 通常与酶通过非共价键疏松地结合,用透析的方法可以将
其与酶蛋白分开。
辅基(prosthetic group):与酶结合牢固,甚至是共价结合,用透析的方法不易将其除去。
活性中心(active center):酶分子上与底物结合并起催化作用的部位。
同工酶(isoenzyme):是指催化的化学反应相同,而酶蛋白的分子结构、理化性质、免疫学性质不
同的一组酶。
米氏方程:V=Vmax[S] ∕(Km+[S]) 其中Vmax表示最大反应速度,[S]为底物浓度,Km为米氏常
数,V是在不同[S]时的反应速度。
Km:为酶促反应速度达到最大反应速度(Vm)一半时的底物浓度,单位为mol/L。
Vm是酶完全被底物饱和时的反应速度,与酶浓度成正比.
酶促反应速率最快时反应体系的温度称为酶促反应的最适温度(optimum temperature)。
抑制剂 ( inhibitor, I ): 能使酶的催化活性下降而酶蛋白不变性的物质。
酶的竞争性抑制作用(competitive inhibition):抑制剂与底物的结构相似,因此这两者互相竞
争酶的活性中心,从而阻碍底物与酶形成中间产物(中间复合物)。
非竞争性抑制作用: 与酶活性中心以外的部位可逆地结合,不影响酶与底物的结合;而酶与底物
的结合,也不影响酶与抑制剂的结合;底物与抑制剂之间无竞争关系,但是,酶-底物-抑制剂复合
物(ESI)不能进一步变成产物,这种抑制作用称做非竞争性抑制作用。
酶原与酶原激活::有些酶以没有催化活性的前体在细胞内合成并分泌到细胞外,这种无活性的酶
的前体称为酶原。
在特定的条件下,酶原可转变成有催化活性的酶,这一转化的过程叫酶原激活。
变构调节 (allosteric regulation):一些代谢物通过与酶分子活性中心外的部分可逆地结合,使
酶活性中心的构象改变,从而改变酶的催化活性,此种调节方式称变构调节。
共价修饰(covalent modification):在其他酶的催化作用下,某些酶蛋白肽链上的一些基团可与
某种化学基团发生可逆的共价结合,从而改变酶的活性,此过程称为共价修饰。
糖代谢
Glycolysis:
在缺氧情况下,葡萄糖生成乳酸(lactate),产生少量能量的过程称之为糖酵
解。
由葡萄糖分解成丙酮酸(pyruvate),称之为糖酵解途径(glycolytic pathway)
substrate-level phosphorylation:
底物在脱氢或脱水时,分子内能量重新分布形成的高
能磷酸根,直接转移给ADP生成ATP的方式,称为底物水平磷酸化(substrate level
phosphorylation) 。
糖酵解的生理意义: 迅速提供能量; 是机体在缺氧情况下获得能量的有效方式;是
某些细胞在氧供应正常情况下的重要供能途径。
糖的有氧氧化(aerobic oxidation)指在机体氧供充足时,葡萄糖彻底氧化成H2O和
CO2,并释放出能量的过程。是机体主要供能方式。部位:胞液及线粒体
三羧酸循环的概念:指乙酰CoA和草酰乙酸缩合生成含三个羧基的柠檬酸,反复的进
行脱氢脱羧,又生成草酰乙酸,再重复循环反应的过程。TCA过程的反应部位是线粒
体;
三羧酸循环的要点:经过一次三羧酸循环,消耗一分子乙酰CoA,经四次脱氢,二次
脱羧,一次底物水平磷酸化。
生成1分子FADH2,3分子NADH+H+,2分子CO2, 1分子GTP。
关键酶:柠檬酸合酶、α-酮戊二酸脱氢酶复合体、异柠檬酸脱氢酶
TCA循环在3大营养物质代谢中具有重要生理意义:
TCA循环是3大营养素的最终代谢通路,其作用在于通过4次脱氢,为氧化磷酸化反应
生成ATP提供还原当量。 TCA循环是糖、脂肪、氨基酸代谢联系的枢纽。
磷酸戊糖途径(pentose phosphate pathway):是指由葡萄糖生成磷酸戊糖及NADPH+H+,前者再进
一步转变成3-磷酸甘油醛和6-磷酸果糖的反应过程。
磷酸戊糖途径的生理意义在于生成NADPH和5-磷酸核糖:为核酸的生物合成提供核糖;提供NADPH
作为供氢体参与多种代谢反应
糖 原 (glycogen)是动物体内糖的储存形式之一,是机体能迅速动用的能量储备。
糖异生(gluconeogenesis):是指从非糖化合物(
乳酸、甘油、生糖氨基酸
)转变为葡萄糖或糖
原的过程。
部位:主要在肝、肾细胞的胞浆及线粒体。
注意:糖异生的三个关键步骤、四个关键酶、两次底物循环。
两个生理意义:维持血糖稳定;恢复肝糖原储备。
Cori循环:肌收缩(尤其是供氧不足时)通过糖酵解生成乳酸。肌内糖异生活性低,所以乳酸通
过细胞膜弥散进入血液后,再入肝,在肝内异生为葡萄糖。葡萄糖释入血液后又可被肌摄取,这就
构成了一个循环,此循环称为乳酸循环,也称Cori循环。(乳酸循环的形成是由于肝和肌组织中酶
的特点所致,肌中没有葡萄糖-6-磷酸酶,循环是耗能过程)
脂类代谢
Essential fatty acid :必需脂酸——亚油酸、亚麻酸、花生四烯酸等多不饱和脂酸是人体不
可缺乏的营养素,不能自身合成,需从食物摄取,故称必需脂酸。
脂肪酸合成的特点
① 合成所需原料为乙酰CoA,直接生成的产物是软脂酸,合成一分子软脂酸,需七分子丙二酸单
酰CoA和一分子乙酰CoA;
② 在胞液中进行,关键酶是乙酰CoA羧化酶;
③ 需NADPH作为供氢体,对糖的磷酸戊糖旁路有依赖性。
脂肪的动员(fat mobilization):储存在脂肪细胞中的脂肪,被肪脂酶逐步水解为FFA及甘油,并
释放入血以供其他组织氧化利用的过程.关键酶 激素敏感性甘油三酯脂肪酶(hormone-
sensitive triglyceride lipase , HSL),主要受共价修饰调节。
脂肪酸-氧化循环的特点
① -氧化循环过程在线粒体基质内进行;
② -氧化循环由脂肪酸氧化酶系催化,反应不可逆;
③ 需要FAD,NAD+,CoA为辅助因子;
④ 每循环一次,生成一分子FADH2,一分子NADH,一分子乙酰CoA和一分子减少两个碳原子的脂
酰CoA。
酮体Ketone body:脂肪酸在肝中氧化分解所生成的乙酰乙酸、-羟丁酸和丙酮三种中间代谢产物,
统称为酮体.
胆固醇的代谢: 胆固醇合成以乙酰CoA为基本原料,先合成HMG-CoA,再逐步合成胆固醇。
HMG-CoA还原酶是胆固醇合成的调节酶。细胞胆固醇含量是胆固醇合成的重要调节 。
胆固醇在体内可转化成胆汁酸、类固醇激素和维生素D3。
血 脂:血浆所含脂类统称血脂,包括:甘油三酯、磷脂、胆固醇及其酯以及游离脂酸。
血浆脂蛋白均由蛋白质(载脂蛋白,apo)、甘油三酯(TG)、磷脂(PL)、胆固醇(Ch)及其酯(ChE)所
组成。不同的脂蛋白仅有含量上的差异而无本质上的不同。
载脂蛋白(apolipoprotein, apo) 指血浆脂蛋白中的蛋白质部分。
(CM代谢小结)功能:运输外源性TG及胆固醇酯
关键酶:脂蛋白脂肪酶(LPL)
LPL的激活剂:apoCII
CM的来源:由小肠粘膜细胞合成
CM残粒的去路:由肝细胞膜LDL受体相关蛋白(LDL receptor related protein, LRP) 摄取。
CM在血浆中的半寿期仅5-15分钟。
(VLDL代谢小结)功能:运输内源性TG
关键酶:脂蛋白脂肪酶(LPL)
LPL的激活剂:apoCII
VLDL的来源:肝细胞合成
VLDL的残粒:在血浆中转化为LDL
VLDL在血浆中的半寿期为6-12小时
(LDL代谢小结)功能:转运肝合成的内源性胆固醇
LDL的来源:由VLDL在血浆中转变而来
LDL的去路:
(1) LDL受体介导的降解(占2/3):肝细胞、肾上腺、性腺等
(2) 清道夫受体介导的降解(占1/3):巨噬细胞和血管内皮细胞
血浆中LDL受体的半寿期为2-4天
关键因素: LDL受体
LDL受体缺陷是家族性高胆固醇血症的重要原因
(HDL代谢小结)功能:胆固醇的逆向转运
HDL的来源:肝(主要)、肠、血浆
HDL的去路:肝
(1) 血浆中70%的CE在CETP作用下由HDL转移至VLDL及LDL后由肝LDL受体结合摄取清
除;
(2) 20%通过肝细胞的HDL受体清除
(3) 10%由特异的apoE受体清除
关键酶或蛋白: ABCA1、LCAT、CETP、LDL受体及HDL受体
生物氧化
生物氧化(Biological oxidation):物质在生物体内进行氧化称生物氧化,主要指糖、
脂肪、蛋白质等在体内分解时逐步释放能量供生命活动所需,最终生成CO2 和 H2O
的过程。
呼吸链(Respiratory chain):指线粒体内膜中按一定顺序排列的一系列具有电子传递
功能的酶复合体,可通过连锁的氧化还原将代谢物脱下的电子最终传递给氧生成水。
这一系列酶和辅酶称为呼吸链(respiratory chain)又称电子传递链(electron transfer chain)。
Substrate-level phosphorylation:直接将高能代谢物分子中的能量转移至ADP,生成ATP的过
程,称为为底物水平磷酸化。
Oxidative phosphorylation:由代谢脱下的氢,经线粒体氧化呼吸链电子传递释放能量,偶联驱
动ADP磷酸化生成ATP的过程,称为氧化磷酸化。
四个蛋白复合体:复合体I ~ IV
(1)复合体Ⅰ(NADH-泛醌还原酶):该复合体将电子从NADH经FMN及铁硫蛋白传给泛醌。每次
可泵出4个H+。
(2)复合体Ⅱ(琥珀酸-泛醌还原酶):该复合体将电子从琥珀酸经FAD、铁硫蛋白传递给泛醌。
无质子泵功能。
(3)复合体Ⅲ(泛醌-细胞色素C还原酶):该复合体将电子从泛醌经Cyt b、铁硫蛋白、Cyt c1
传给Cyt c,每次可泵出4个H+。
(4)复合体Ⅳ(细胞色素C氧化酶):该复合体将电子从Cyt c经Cyt aa3、Cu传递给氧,每次
可泵出2个H+。
ATP合酶:由F1(亲水部分)质子通道和F0(疏水部分)催化ATP形成组成。
胞浆中NADH的氧化:胞浆中NADH必须经一定转运机制进入线粒体,再经呼吸链进
行氧化磷酸化。
转运机制主要有 :
α-磷酸甘油穿梭;
(α-glycerophosphate shuttle):磷酸甘油穿梭系统 主要存在于脑和骨
骼肌中。 NADH通过此穿梭系统带一对氢原子进入线粒体,由于经琥珀酸氧化呼吸
链进行氧化磷酸化,故只能产生1.5分子ATP。
苹果酸-天冬氨酸穿梭
(malate-asparate shuttle); 苹果酸-天冬氨酸穿梭机制 主要存在于肝
和心肌中。 胞液中NADH+H+的一对氢原子经此穿梭系统带入一对氢原子,由于经
NADH氧化呼吸链进行氧化磷酸化,故可生成2.5分子ATP。
腺苷酸转运蛋白adenine nucleotide transporter):位于线粒体内膜中,由两个亚基组成,负
责线粒体内膜两侧ADP与ATP的反向转运,又称为ATP-ADP载体。
氧化磷酸化偶联机制是产生跨线粒体内膜的质子浓度。
化学渗透假说:(chemiosmotic hypothesis)电子经呼吸链传递时,可将质子(H+)从线粒体内膜
的基质侧泵到胞浆侧,产生膜内外质子电化学梯度储存能量。当质子顺浓度梯度回流时驱动ADP
与Pi生成ATP。
氨基酸
Nitrogen balance:即氮平衡,指人体每日氮的摄入量与排出量也维持着动态平衡,包括正氮平衡、
负氮平衡、氮总平衡,可反映人体蛋白质的代谢概况。
Metabolic pool:食物蛋白经消化吸收的氨基酸(外源性氨基酸)与体内组织蛋白降解产生的氨基
酸(内源性氨基酸)混在一起,分布于体内各处参与代谢,称为氨基酸代谢库。
营养必需氨基酸(essential amino acid):体内不能合成,必须由食物蛋白质供给的氨基酸。
非必需氨基酸(non-essential amino acid):体内能够自行合成,不必由食物供给的氨基酸。
腐败作用(putrefaction):肠道细菌对未被消化和吸收的蛋白质及其消化产物所起的分解作用,主
要在大肠中进行
脱氨基作用:指氨基酸脱去氨基生成相应α-酮酸的过程。包括转氨基作用、L-谷氨酸脱氢酶脱氨
基、联合脱氨基。
联合脱氨基作用(transdeamination):由两种脱氨基作用偶联进行的脱氨基方式。包括两种方式:
一种是脱氨基作用于氧化脱氨基作用偶联;另一种是转氨基作用和嘌呤核苷酸循环偶联。
尿素循环(urea cycle):指氨与CO
2
通过鸟氨酸、瓜氨酸、精氨酸生成尿素的过程,又称鸟氨酸
循环,是人体血氨的主要代谢途径。
甲硫氨酸循环:指甲硫氨酸经ATP活化为SAM,给机体提供甲基后生成S-腺苷同型半胱氨酸,然后
水解成同型半胱氨酸,在接受甲基生成蛋氨酸的过程。主要意义是为机体提供活性甲基来合成甲基
化合物
One carbon unit:某些氨基酸(丝、色、组、甘)在分解代谢过程中产生的含有一个碳原子的基
团,称为一碳单位(one carbon unit)。
苯酮酸尿症(phenyl keronuria,PKU):苯丙氨酸羟化酶缺陷,苯丙氨酸不能正常转变为酪氨酸,
苯丙氨酸经转氨基作用生成苯丙酮酸、苯乙酸等,并从尿中排出的一种遗传代谢病。
核苷酸代谢
嘌呤核苷酸从头合成(de novo synthesis):利用磷酸核糖、氨基酸、一碳单位及
CO2等简单物质为原料,经过一系列酶促反应,合成嘌呤核苷酸。原料包括谷氨酰胺、
甘氨酸、一碳单位、二氧化碳、PRPP及天冬氨酸。
嘌呤核苷酸的补救合成salvage pathway: 利用体内游离的嘌呤或嘌呤核苷,经过简
单的反应,合成嘌呤核苷酸的过程,称为补救合成(或重新利用)途径。这一途径可
在大多数组织细胞中进行。
原料包括谷氨酰胺、一碳单位、二氧化碳、PRPP及天冬氨酸。
抗代谢物(antimetabolite)指化学结构与天然代谢产物相似的化合物,在代谢反应中
能与正常代谢产物相拮抗,减少正常代谢物参与反应的机会,抑制正常代谢过程。
嘧啶核苷酸的从头合成:嘧啶核苷酸的从头合成是指利用谷氨酰胺、天冬氨酸及二氧
化碳等简单物质为原料,先合成嘧啶环,然后再与磷酸核糖连接合成嘧啶核苷酸的途
径。
嘧啶核苷酸的补救合成: 由分解代谢产生的嘧啶/嘧啶核苷转变为嘧啶核苷酸的过程
称为补救合成途径(salvage pathway
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