admin 管理员组文章数量: 1086019
2024年5月1日发(作者:matlab下载百度网盘资源)
医学临床研究
2021
年
2
月第
38
卷第
2
期
J Clin Res,Feb.2021,Vol 38, No2
• 179 •
•论著•
利用生物信息学分析
CALHM
2在非小细胞肺癌中的表达及
临床意义
刘洁1黄伟2王磊
(1.南华大学附属长沙中心医院,湖南长沙410004;2.中南大学湘雅医院,湖南长沙 410008;3•中南
大学基础医学院,湖南长沙410008)
[摘要]【目的】基于
TCGA
及
GEO
等数据库收录肿瘤高通量数据,分析钙稳态调节家族蛋白
2(CAL-
H M2
)等
C ALH Ms
家族基因在非小细胞肺癌癌(
NSCLC)
中的表达及临床价值。【方法】利用
Oncomine
,
GEPIA
及
UALCAN
等在线工具分析和验证
CALHMs(CALHM
卜
6)
家族基因在
NSCLC
的表达水平;利用
Human protein Atlas(HPA)
分析
CALHM2
在
NSCLC
中的蛋白水平和定位;利用
GEPIA
和
UALCAN
分析
CALHM2
表达水平与
NSCLC
癌患者病理分期、淋巴结转移、
p53
突变和吸烟史的相关性;利用
UALCAN
分
析
CALHM2
启动子甲基化水平;利用
Kaplan-Meier Plotter
分析
CALHM2
表达水平与
NSCLC
患者总生存
期(
OS
),首次进展生存期(
FP)
及进展后生存期(
PPS)
的相关性;利用
LinkedOmics
分析
NSCLC
中与
CAL-
HM2
表达的显著相关的基因,并利用
Metascape
进行
GO
功能富集。【结果】
CALHM2
在
NSCLC
组织中的
表达水平显著下调;在
NSCLC
组织中
CALHM2
蛋白水平也显著降低。
CALHM2
表达水平与
NSCLC
患者
病理分期、淋巴结转移、
p53
突变和吸烟史无显著相关性。
Kaplan-Meier Plotter
分析结果显示,
CALHM2
高
表达的
NSCLC
患者的
OS
和
FP
均显著优于
CALHM2
低表达患者。
LinckedOmics
共筛查得到
265
个与
CALHM2
显著相关基因,且
Metascape
富集分析显示
CALHM2
相关基因显著富集于淋巴细胞活化和迁移,
免疫激活相关;过程、细胞因子释放调控等过程。【结论】在
NSCLC
中
CALHM2
表达显著下调,其可作为
NSCLC
患者预后的判断标志物。
[关键词]癌,非小细胞肺/遗传学;癌,非小细胞肺/病理学
Evaluating Expression and Clinical Value of CALHM2 in Non-small Cell Lung Cancer Through
Bioinformatics Data Analysis
LIU Jie, HUANG Wei, WANG Lei
(
Changsha Central
Hospital
,
University of South China
,
Changsha
,
Hunan
^
410004, China )
[Abstract]
【
Objective】Based on the high-throughput tumor data in TCGA and GEO,the expression and
clinical value of CALHMs family genes such as CALHM2 in non-small cell lung cancer were analyzed. [Meth-
ods】Using online tools like Oncomine, GEPIA and UALCAN to analyze and verify the expression level of
CALHMs (CALHM1-6) family genes in non-small cell lung cancer(NSCLC); Using Human protein Atlas
(HPA) to analyze the protein level and location of CALHM2 in NSCLC tissues
;
Using GEPIA and UALCAN
to analyze the correlations between CALHM2 expression level and pathological stage, lymph node metastasis,
p53 mutation and smoking history in patients with NSCLC
;
Using UALCAN to investigate promoter methyla-
tion of CALHM2 in NSCLC
;
Using Kaplan-Meier Plotter to analyze the relationship between CALHM2 ex
pression level and prognosis of NSCLC including overall survival (OS), first-time progression survival (FP)
and post-progression survival (PPS
);
Using LinkedOmics to analyze the genes that were significantly related
to CALHM2 expression in NSCLC
;
Using Metascape to perform GO function enrichment with CALHM2 cor-
related genes.
【
Results】The expression of C ALH M2 was significantly down-regulated in NSGLC tissue; CAL-
HM2 protein was also significantly reduced in NSCLC tissue. The expression of CALHM2 showed no signifi
cant correlation with pathological stage» lymph node metastasis, p53 mutation and smoking history in NSCLC
通讯作者,
E-mail:***************.cn
• 180 •
医学临床研究
2021
年
2
月第
38
卷第
2
期
J Clin Res
,
Feb.2021,Vol 38, No2
patients. Kaplan-Meier Plotter analysis showed that NSCLC patients with high CALHM2 expression had sig
nificantly better OS and FP than those with low CALHM2. LinckedOmics screened a total of 265 genes signifi
cantly related to CALHM2, and Metascape enrichment analysis showed that CALHM2 related genes were sig-
nificantly enriched in lymphocyte activation and migration, immune activation-related processes, and cytokine
release regulation. [ConclusionJCALHM2 is significantly downregulated in NSCLC and can be used as a prog
nostic marker for patients with NSCLC.
[Key words] Carcinoma, Non-Small-Cell Lung/GE
;
Carcinoma
,
Non-Small-Cell Lung/PA
[
中图分类号
]R730.26 [
文献标识码
]A [doi:10_3969/.l671-7171.2021.02.006][
文章编号
]1671-7171(2021)02-0179,188-07
肺癌是我国和全球发病率和死亡率最高的恶性
库(
https
://
www
.
oncomine
.
org
/)中的基因芯片数
肿瘤。随着肿瘤基础和临床研究逐步提高和进步,
据,分析
CALHM
家族基因在肺癌中的表达水平。
肺癌的病死率总体呈下降趋势,但是根据最新统计
数据检索和筛选步骤:1)分别输人:
CALHM
1,
数据,肺癌每年导致的死亡人数仍然巨大,占所有肿
CALHM
2,
CALHM
3,
CALHM
4 (
FAM
26
D
),
瘤死亡总数的四分之一,大于排名2〜4位的乳腺
CALHM
5(
FAM
26
E
),
CALHM
6(
FAM
26
F
)进行
癌、前列腺癌和结直肠癌死亡病例总数。以肺腺癌
检索;2)点击肺癌数据集,进入肺癌相关数据集界
(Lung
adenocarcinoma
,
LUAD
)和肺鱗癌
(Lung
面;3)分别点击各数据集,记录基因表达倍数和
P
squamous
cell
carcinoma
,
I
;
USC
)为代表的非小细
值。
胞肺癌
(Non
small
cell
lung
cancer
,
NSCLC
)是肺
1.2
GEHA
数据库分析
GEPIA
数据库(
http
://
癌的主要病理类型,其在所有肺癌类型中的占比高
gepia
.
cancer
-
pku
.
cn
/ )整合了
TCGA
和
GTEx
中的
达85%[13]。因此继续深入研究以
NSCLC
为代表
基因表达数据[8],因此,利用
GEPIA
验证
CALHMs
的肺癌发病机制,鉴定肺癌发生发展相关的关键基
家族基因在肺癌中的表达情况以及其表达与临床分
因,是开发肺癌诊疗提供新的靶点的有效途径。
期的相关性。利用
Expression
DIY
模块中的
Box
-
轉稳态调节家族蛋白家族
(Calcium
homeosta
plot
和
Stage
plot
进行表达 和分期 分析。 “
Gene
”框
sis
modulators
,
CALHMs
) 是 一类重要的膜蛋白离
输人基因名,“
Datasets
Selection
”框选择
子通道蛋白,由
CALHM
1,
C
.
ALHM
2,
CALHM
3,
LUAD
&
LUSC
,其它选择默认选项,然后点击
CALHM
4,
CALHM
5 和
CALHM
6 等组成。同其
“
Plot
”分析数据,最后分别下载
箱式图和小提
它钙离子通道相关蛋白一样,
CALHMs
家族蛋白能
琴图进行数据分析。
介导细胞或亚细胞器的钙离子和其它离子的跨膜运
1.3
Human
Protein
Atlas
(
HPA
)
分析
Human
输[4]。钙离子是细胞内外信号传递的重要信使,在
Protein
Atlas
(
http
: //
www
_
proteinatlas
.
org
/)中收
细胞稳态维持具有重要作用,其信号异常与包括肿
录了各个蛋白在正常组织和癌组织中的表达数据,
瘤在内的众多病理进程相关。作为钙离子信号的传
本研究利用其数据验证
CALHM
2在正常肺组织和
递载体,钙离子通道蛋白的表达和活性异常是导致
肺癌组织中的蛋白水平。“
Search
”框输人‘
CAL
-
钙信号异常的重要原因,是肿瘤诊断和治疗的理想
HM
2,,点击“
Search
”,随后分别点击“
Tissue
”和
耙点[5—7]。目前已知妈池调控妈离子进人(
Store
-
op
-
“
Pathology
”,随后分别选取 “
lung
” 和
“lung
canc
erated
calcium
channel
),电压门离子通道等通道蛋
er
”,然后下载选取代表性图片用于数据分析。
白的异常参与了肺癌发生和发展,在肺癌诊断和治
1.4
UALCAN
数据库分析
UALCAN
数据库中
疗中具有良好的应用前景[6’7]。因此,本文基于多个
(
http
://
ualcan
.
path
.
uab
.
edu
/)整合了
TCGA
中的
肿瘤相关数据库,系统分析了
CALHMs
家族在肺
基因表达、甲基化及蛋白等数据,配套的临床资料数
癌中的表达及临床意义,为揭示和评价
CALHMs
据和部分癌种的蛋白组数据[9]。本研究利用
UAL
-
在肺癌中的作用和应用前景指明方向。
CAN
分析了
CALHM
2表达与肺癌患者的临床参
数的相关性和
1材料与方法
CALHM
2在
LUAD
中的蛋白水平。
基本操作如下:点击
“TCGA
analysis
”,在
“Scan
by
1.1
Oncomine
数据库分析
利用
Oncomine
数据
gene
(
s
),,中输人“
CALHM
2
,,,“TCGA
dataset
”框中
医学临床研究
2021
年
2
月第
38
卷第
2
期
J Clin Res,Feb.2021, Vol 38, No2• 181 •
分别选择
“Lung
adenocarcinoma
” 和
“Lung
squa
mous
cell
carcinoma
”, 在返 回结果 中点击“
Expres
-
sion
”,随后返回
CALHM
2表达结果,点击右上方的
下拉框,分别选择不同的临床资料参数.分析
CAL
-
2结果
首先,利用
Oncomine
数据总体分析了钙稳态调节
2.1
Oncomine
数据显示
CALHM
2
在肺癌中的表达
蛋白家族
CALHM
1-6在所有肺癌和正常组织中的表
达水平。基因表达的总体预览(图1)显示,
CALHM
2
在肺癌中呈显著低表达,而
CALHM
1,
CALHM
3,
HM
2表达水平与临床参数的关系,下载
图片,
记录下方的统计数值;点击“
Methylation
”,分析
CALHM
2的启动子甲基化水平。利用
UALCAN
的“
CPTAC
”模块,分析
CALHM
2在
LUAD
中的蛋
白水平,操作类似表达分析。
1.5
Kaplan-Meier
Plotter
数据库
Kaplan-Meier
CALHM
4(
FAM
26
D
),
CALHM
5(
FAM
26
E
)和
CAL
-
HM
6(
FAM
26
F
)在正常组织和肺癌中的表达无显著
差异。进一步分析各个数据集中的数据显示(表1),
包含大细胞癌和
IAJAD
的多个数据集的结果再次证
实
CALHM
2在
NSCLC
中表达显著降低;在
LUSC
中,
CALHM
2呈下调趋势,但是无显著差异,可能与
纳人的标本数量太少有关。
Plotter
数据库(
https
: //
kmplot
.
com
/
analysis
/)中
整合了
TCGA
和
GEO
中各种肿瘤的基因表达与肿
瘤预后的数据[1°]。本研究利用其分析
CALHM
2与
肺癌患者预后的关系。点击“
mRNA
(
gene
chip
)”中
的
“Start
KM
Plotter
for
lung
cancer
”,在
“Affy
id
/
CALHM family
Gene
symbol
” 中输人
CALHM
2 家族基因
,“Split
patients
by
”选择
“Auto
select
best
cutoff
’’,然后在
“
Surviva
丨”选项中分别选择“
OS(overall
survival
),
Analysis Tvp< bv Cancer
1
Cancer
ws.
Normal
2
Cancer
Normal
Vi.
3
Cancer
vs.
Normal
4
Cancer
vs.
Normal
5
Cancer
vs.
Normal
6
Canci-i
Normal
V*.
FP(First
progression
)和
PPS
(
Post-progression
su
-
vrvial
) ” 进行预后分析,点击 “
Draw
Kaplan-Meier
plot
”获取结果,下载
数据进行图片制作。
1.6
LinkedOmics
数据库
LinkedOmics
数据库
Bladder Cancer
8rain and CNS Cancer
Breast Cancer
Cervical Cancer
Coioreciai Cancer
Esophageal Cancer
Head and Neck Cancer
Kidney Cancer
Leukemia
liver Cancer
Lung Cancer
Lymphoma
Melanoma
Myeloma
Ovarian Cancer
Pancreatic Cancer
Prosuie Cancer
Sarconu
Significant Unique Analyses
Total Unique Analyses
232
(
http
: //
www
.
linkedomics
.
org
/)同样整合了
TC
-
■
2
B
_
ki
GA
中的相关数据[11],本研究利用其分析
CALHM
2
在肺癌中的相关基因。具体操作如下:点击首页的
“Enter
as
Guest
”或注册账号后登陆进人分析数据
界面;在“
Stepl
”中分布选择
TCGA
LUAD
/
LUSC
,
“
Step
2 ” 中选择 “
HiSeq
RN
A
”,“
Step
3 ’’ 中输人
“
CALHM
2”,“
Step
4”中继续选择
“HiSeq
RNA
”,
然后在“
Step
5”中选择
“Pearson
Correlation
Test
”,
等待数据分析完毕后,下载相关基因的列表数据,按
照相关系数绝对值大于0.5,
P
值小于0.001为阈值,
分别筛选
LUAD
和
LUSC
中的相关基因后,取交
集,得到最终的相关基因,然后进行后续的
GO
富集
分析。
1.7
富集分析
图
1
B
4
367
5
i
1
209
235
2
2S1
14 1
280
钙稳态调节蛋白家族
CALHM1-6
在肺癌和正常组织中的表
达水平
表1
CALHM
2在
Oncomine
收录的肺癌数据集中的表达水平
名称
组织类型
大细胞癌(65)
vs
正常组织(19)
P
倍数
-2.444
-1.517
— 1.695
-1.384
-1.759
— 1.263
GEO
ID
GSE
19188
GSE
32863
GSE
7670
GSE
10072
GSE
31210
GSE
3268
Hou
Selamat
Su
Landi
Okayama
Wachi
4.52
E
-10
1.16
E
-19
2.84
E
-6
4.63
E
-12
4.88
E
-9
0.099
LUAD
(58)
vs
正常组织(58)
LUAD
(30)
vs
正常组织(27)
LUAD
(58)
vs
正常组织(49)
LUAD
(226)
vs
正常组织(20)
LUSC
(5)
vs
正常组织(5)
cape
.
org
/
gp
/
index
,
html
# /
main
/
stepl
)数据库对
CALHM
2相关基因进行富集分析[12]。操作步骤如
下:将相关基因粘贴至“
Stepl
”中的输人框中,点击
2.2
利用
GEPIA
数据验证
CALHM
家族基因在
肺癌中的表达水平
随后,利用
GEPIA
进一步分析
Submit
; “
SteP
2”选择默认参数;最后“
Step
3 ”点击
Custom
Analysis
,进入结果页,下载相关结果。
和验证了
CALHM
家族基因在
LUAD
和
LUSC
中
的表达水平。结果显示(图2),与
Oncomine
数据库
的分析结果一致,
CALHM
2在
LUAD
和
LUSC
中
的表达水平均显著低于正常肺组织;而其他家族成
• 182 •
医学临床研究
2021
年
2
月第
38
卷第
2
期
JClinRes,Feb.2021, Vol38, N
q
2
员在
LUAD
和
LUSC
中的表达水平与正常组织无
明显差异。基于
CALHM
2在肺癌中的
HPA
数据
和
TCGA
质谱数据显示
CALHM
2蛋白在
LUAD
和
LUSC
组织呈低表达。
CALHM1
果同样证实
CALHM
2在
LUAD
中的水平显著低
于正常肺组织(《 =111
,P
<0.05),见图4。因此,
与
mRNA
水平一致,
CALHM
2在肺癌中表达降低。
CALHM2
Normal
CALHM2
在肺组织中呈相对高表达,在
LUAD
和
LUSC
组织
議
中呈低表达状态
Protein expression of CALHM2 in Lung adenocarcinoma
图
2 CALHM
家族基因在
LUAD
和
LUSC
中的表达水平
同时利用
HPA
数据库,分析了
CALHM
2在正
常肺组织和
LUAD
和
LUSC
中的蛋白水平和分布
情况。如图3所示,
CALHM
2在肺组织中呈相对高
表达,在
LUAD
和
LUSC
组织中呈低表达,其表达
主要分布于细胞质和细胞核。随后,利用
UALCAN
在线工具分析了
TCGA
中的肺腺蛋白表达数据,结
图
4 CALHM2
在
LUAD
和
LUSC
组织中相对低表达
表2
UALCAN
中
CALHM
2在
LUAD
和
LUSC
患者中的各相关因素的统计分析
相关因素
肺腺癌
肺鳞癌
样本数低
25%50%
75°/〇
高样本数
低
25^〇50%
75%
高
分期
I
2771.33
10.0515.8820.4335.122432.708.27
12.2117.68
34.34
II
1253.528.99
14.71
20.5537.18
1571.699.1512.54
16.8631.13
ni
85
3.09
10.4214.2120.04
31.5
185
3.197.38
12.3717.10
33.34
N
282.96
9.1614.9524.5838.31
7
7.8110.2614.04
16.3118.11
患者年龄
21〜40岁12
11.0319.73
26.0729.92
31.19
2
5.59
7.168.7310.30
11.87
41〜60岁902.299.38
14.60
19.6431.51
1032.388.6312.7019.2636.02
61〜80岁
1491.339.9314.6720.3635.983611.698.5212.66
17.38
32.11
81〜100岁322.96
10.81
18.7124.6739.3520
5.398.6810.1514.8722.86
淋巴结转移
无
3311.339.7714.9920.3435.98320
2.38
8.2012.1317.16
33.48
N
1
963.11
9.8414.1620.3538.31
1311.69
9.7212.9317.0029.61
N
274
2.96
10.36
14.3622.16
39.3540
3.196.78
10.7615.7029.48
N
32
19.98
20.52
21.06
21.6022.14
5
6.909.5513.45
19.96
21.99
性别
男
2381.339.4013.5019.03
33.32
366
2.38
8.06
12.0317.1032.11
女
276
2.29
10.0716.09
21.31
38.31
1281.6910.1813.5017.35
31.80
吸烟习惯
不吸烟
753.9310.1816.2319.68
29.33
18
4.68
9.9215.2522.92
31.80
吸烟
1182.349.38
15.0920.74
35.98
133
1.69
7.8612.6516.97
32.11
戒烟
<15年1351.339.2413.2020.94
37.1883
2.70
8.72
12.0618.88
34.74
>15年168
2.29
10.3115.0820.64
34.79247
2.848.61
12.64
17.1931.52
TP
53突变状态
突变
233
2.29
10.62
16.04
20.6434.79
369
2.387.81
12.19
16.80
31.52
非突变
2791.33
9.0114.1720.27
37.18
1181.69
9.61
12.82
18.7034.34
2.3
CALHM
2表达水平与肺癌患者临床病例因素 ~基于
UALCAN
和
GEPIA
•分析
CAL
-
医学临床研究
2021
年
2
月第
38
卷第
2
期
J Clin Res,Feb.2021, Vol 38, fc2
•
183
•
HM
2表达水平与肿瘤病理特征的关系
。UALCAN
结果显示(表2),
CALHM
2在
LUAD
和
LUSC
患
者中的表达水平与分期,淋巴结转移和吸烟史无关;
CALHM
2在
LUAD
和
LUSC
女性患者中的表达
水平显著高于男性患者。在
LUAD
中
CALHM
2
的表达水平与
P
53突变状态无关;但是在
LUSC
中,
CALHM
2在
P
53突变的患者中表达显著低于
野生型
P
53患者。
GEPIA
中的结果也证实,
CAL
-
HM
2在不同分期的癌组织中表达水平相当。因
此,上述结果表明
CALHM
2的表达水平与肺癌的
病理特征无显著相关性。
2.4
CALHM
2
基因甲基化水平分析
基于
UAL
-
CAN
中的甲基化数据,分析
LUAD
和
LUSC
中
CALHM
2基因启动子的甲基化水平。结果显示
(图5),在
LUAD
和正常对照组织中,
CALHM
2的
甲基化水平无显著差异,而在
LUSC
中,
CALHM
2
的甲基化水平显著高于正常组织,提示启动子高甲
基化是
CALHM
2在
LUSC
中低表达的原因之一。
图
5 CALHM2
基因启动子的甲基化水平在
LUAD
和
LUSC
中的
表达情况
2.5
CALHM
2
表达水平与肺癌的预后
基于
Ka
-
plan-Meier
Plotter
,分析
CALHM
2表达水平与肺
癌患者预后的关系。①
CALHM
2水平与肺癌患者
总生存期的关系,结果显示(图6),
CALHM
2高表
达的患者的总体生存时间
(Overall
survival
,
OS
)更
长。②
CALHM
2高表达的患者的首次进展发生时
间
(First
progression
,
FP
)显著长于
CALHM
2 低
表达患者,但是在肿瘤进展后,
CALHM
2表达水平
与肺癌患者的生存时间无显著关系。上述结果表
明,
CALHM
2与肺癌患者的预后正相关。
2.6
CALHM
2
相关基因及功能分析
同时,利用
LinkedOmics
分别分析了
LUAD
和
LUSC
中表达
水平与
CALHM
2显著相关的基因
(r
>0.05,
P
<
0.01),通过取交集,包含
CALHM
2在内,共得到了
265个基因。随后利用
Metascape
对上述基因进行
了
GO
富集分析。结果显示,相关基因富集于淋巴
细胞活化和迁移,免疫激活相关过程、细胞因子释放
调控等过程(图7),提示
CALHM
2在免疫和炎症调
控中具有重要的功能。
OS PS PPS
3 讨论
手术切除,传统或新辅助放化疗、靶向治疗及免
疫治疗等是肺癌治疗的主要方式,上述治疗手段的
单独或联合应用显著改善了肺癌的治疗水平,但肺
癌目前仍是死亡率最高的恶性肿瘤[13]。除去少部
分诊断在早期且经手术切除后的患者取得了理想的
疗效外,大部分中晚期肺癌患者的治疗效果仍有很
大的提升空间。因此,筛选参与肺癌发生发展的新
分子,开发肺癌早期诊断和预后疗效判断的新标志
物,是提高肺癌患者总体治疗效果的重要和可行途
径。研究表明,钙信号异常是肿瘤的重要特征之一,
而钙离子通道相关基因异常在调控细胞钙信号中发
挥了重要作用〜7]。据此,本研究利用多种在线工
具综合分析了新型钙离子通道蛋白
CALHMs
家族
基因在肺癌中的表达,并重点分析了差异表达基因
CALHM
2在肺癌中的临床价值。
CALHMs
是一类新型的钙离子通道蛋白,除
CALHM
5外,
CALHMs
蛋白的晶体结构已被解
析[1318]。除了具有钙离子等离子转运功能外,
CAL
-
HMs
在星形细胞
ATP
释放、味觉细胞神经递质传
递和
NK
等淋巴细胞信号传递中发挥了重要作用,
其
SNP
特征和表达差异与阿茨海默病(
Alzheimer's
disease
,
AD
)、缺血性脑损伤[17]、记忆减退[18]、克罗
伊茨费尔特-雅各布病(
Creutzfeldt-Jakob
dis
-
ease
)[19]及免疫应答紊乱[2°]等病理过程相关的发生
相关,表明
CALHMs
家族具有重要的生物学功能。
尽管目前关注
CALHMs
家族在肿瘤中研究很
少,但是已有的研究证实,电压门钙离子通道
(Volt
-
• 184 •
医学临床研究
2021
年
2
月第
38
卷第
2
期
J Clin Res,Feb.2021, Vol 38, N
p
2
age-gated
Ca
2+
Channel
,
VGCC
),受体门妈离子通
道(
Receptor-gated
Ca
2+
Channel
,
ROCC
)及耗池
操纵轉离子通道(
Store-operated
Ca
2+
Channel
,
socc
)等其他类型钙离子通道蛋白在肿瘤的恶性
转变和进展发挥了重要作用,在包括肺癌在内的肿
瘤诊断和治疗中具有良好的转化和应用价值[5’7]。
比如,电压门通道蛋白
Cav
3.1在
NSCLC
中表达显
著升高,其表达水平与肿瘤组织类型,肿瘤组织大小
及肿瘤分期相关,且
Cav
3.1高表达的肺癌患者的总
生存期和无疾病进展生存期显著低于低表达患
者[21]。与
Cav
3.1类似,
Cav
2.2蛋白同样在
NSCLC
中表达上调,与患者的恶性临床参数和预后呈负相
关
[22]。Zhang
等分析了
TPRC
1、3、6 及 7 等
ROCC
编码基因和
ORAI
1,
ORAI
2,
STIM
1 和
STIM
2 等
SOCC
编码基因单核酸位点多态性(
SNP
)与肺癌发
生的相关性,结果显示
TRPC
4和
TPRC
7的多个
SNP
是肺癌发生的高风险因子。同时,
TPRC
1、3、4
和6的表达水平与肺癌的分化程度呈负相关,与年
龄、性别及吸烟史等无关[23]。在本研究中,多个数
据库中的数据均显示
CALHM
2的表达和蛋白水平
在肺癌中显著降低,而其他
CALHMs
基因无显著
改变,提示
CALHM
2在肺癌中具有重要作用。
CALHM
2的表达水平与肿瘤分期,淋巴结转移,吸
烟史,
P
53突变等无显著相关性,但是
CALHM
2高
表达的肺癌患者的预后更好,其总生存时间和首次
进展时间均显著长于
CALHM
2低表达患者,表明
CALHM
2是潜在的预后判断因子。研究显示,
CALHM
6等在免疫细胞活化和应答等过程中具有
重要作用[2°],本研究中也证实
CALHM
2相关基因
显著富集于淋巴细胞分化、活化和迁移,免疫应答调
控、炎症因子和趋化因子调控等生物过程,提示
CALHM
2肺癌的免疫微环境调控中具有重要作
用。综上,笔者的研究显示
CALHM
2在肺癌中表
达降低,可作为肺癌预后判断的标志物,后续将开展
相关研究进一步明确和证实。
[
参考文献
]
[1] Siegel RL, Miller KD,Jemal statistics* 2
〇
2
〇
[J]. CA
Cancer J Clin, 2020, 70 (1
):
7-30.
[2] Bade BC,Dela Cruz cancer 2020
:
Epidemiology, eti
ology, and prevention [J]. Clin Chest Med, 2020, 41 (1)
:
1-
24.
[3] Cao M,Chen W. Epidemiology of lung cancer in China [J].
Thorac Cancer^ 2019, 10 (1
):
3-7.
[4] Ma Z,Tanis JE,Taruno A, et al .Calcium homeostasis modu
lator (calhm) ion channels [J]. Pflugers Arch y 2016, 468
(3
):
395-403.
[5] Roberts-Thomson SJ, Chalmers SB,Monteith GR. The calci
um-signaling toolkit in cancer
:
Remodeling and targeting[J].
Cold Spring Harb Perspect Biol:, 2019, 11 (8
):
a035204.
[6] Gautier M,Trebak M,Fleig et al . Ca2+ homeostasis and
cancer [J]. Cell Calcium ^ 2019, 84
:
102084.
[7] O Reilly D, Buchanan P. Calcium channels and cancer stem
cells [J3. Cell Calcium, 2019, 81
:
21-28.
[8] Tang Z,Li C,Kang B, et al .Gepia
:
A web server for cancer
and normal gene expression profiling and interactive analyses
[J]. Nucleic Acids Res, 2017, 45 (Wl
):
W98-W102.
[9] Chandrashekar DS, Bashel B, Balasubramanya SAH, et al .
Ualcan
:
A portal for facilitating tumor subgroup gene expres
sion and survival analyses [J]. Neoplasia y 2017, 19 (8):
649-658.
[10] Nagy A,Lanczky A,Menyhart et al . Validation of mirna
prognostic power in hepatocellular carcinoma using expres
sion data of independent datasets [J], Sci Rep , 2018, 8(1
):
9227.
[11] Vasaikar SV, Straub P,Wang J, et al . Linkedomics
:
Analy-
zing multi-omics data within and across 32 cancer types
匸
J].
Nucleic Acids Res
t
2018, 46 (Dl
):
D956-D963.
[12] Zhou Y,Zhou B,Pache L, et al .Metascape provides a biolo
gist-oriented resource for the analysis of systems-level data
sets [J]. Nat Commun, 2019, 10 (1
):
1523.
[13] Drozdzyk K,Sawicka M, Bahamonde-Santos MI, et al .Cryo-
em structures and functional properties of calhm channels of
the human placenta [J]. Elife
t
2020, 9
:
e55853.
[14] Choi W,Clemente N,Sun W, et al .The structures and gating
mechanism of human calcium homeostasis modulator 2 [J].
Naturey
2019, 576 (7785
):
163-167.
[15] Syrjanen JL,Michalski K, Chou, et al .Structure and assem
bly of calcium homeostasis modulator proteins [ J ]. Nat
Struct Mol Biol, 2020, 27 (2
):
150-159.
[16] Demura K,Kusakizako T,Shihoya W, ^ a/ . CryoEM struc
tures of calcium homeostasis modulator channels in diverse
oligomeric assemblies [J]. Sci Adv ■, 2020* 6 (29)
:
eaba8105.
[17] Cisneros-Mejorado A» Gottlieb M, Ruiz A» et al .Blockade
and knock-out of calhm 1 channels attenuate ischemic brain
damage [Jl.
J Cereb Blood Flow Metab ^ 2018, 38 (6
):
1060-1069.
[18] Vingtdeux V,Chang EH,Frattini SA, et al .Calhml deficien
cy impairs cerebral neuron activity and memory flexibility in
mice [J]. Sci Rep ^ 2016, 6
:
24250.
[19] Calero 0,Bullido MJ ,Clarimon ] y et al .Genetic variability of
the gene cluster calhm 1-3 in sporadic creutzfeldt-jakob dis-
ease[J]. Prion t 2012, 6 (4
):
407-412.
(下转第
188
页)
• 188 •
医学临床研究
2021
年
2
月第
38
卷第
2
期
J Clin Res
,
Feb.2021, Vol 38, N
q
2
层,与既往研究[4]相符。文献报道约
75%
胃脂肪瘤
中推荐使用联和检测,能够综合考虑,兼具敏感性及
的发病部位在胃窦部[5],本组中
66.67%
发病于胃窦
准确率。因此本研究中同时分析
MSCT
联合内镜
部,略低于文献,可能与收集的病例数相关。
Sim F
检查诊断胃脂肪瘤的效能,结果显示,联合检测的
等报道[6],胃脂肪瘤发病与性别存在关系,其中女性
AUC
髙于两者单独诊断,提示联合检测能够提高诊
高于男性。本研究男:女为1 : 4,女性明显多于男
断胃脂肪瘤的准确性。
性,支持既往研究结论,提示胃脂肪瘤在中老年女性
[参考文献]
人群中更易多发。
胃脂肪瘤的临床症状并未显出特异性,目前胃
[1]
张其德,韩树堂.经内镜侧缘切开隧道技术在治疗胃黏膜下肿
瘤中的初步应用[J].中华消化内铣杂志,2017, 34(4):281-
脂肪瘤的诊断主要依靠影像学检查及内镜检查。
283.
MSCT
作为新型的影像学技术,其分辨率较高,能
[2] Koukias N, Murino A, Telese
hj et al .
Management of a rare
够对病变内部的脂肪成分准确识别[6],已有报道应
cause of significant acute upper gastrointestinal bleeding: gas
用
MSCT
对胃肠道脂肪瘤进行诊断鉴别[7],但对于
tric lipoma resected by hybrid endoscopic submucosal dissec-
胃脂肪瘤的应用未见报道。本研究结果显示,胃脂
tion[J]].
Endoscopy
i
2017, 49( 10) :246-247.
肪瘤内镜检查的检出率
[3] Ko WJ, Cho JY. Current techniques for treating gastrointesti
(69.70%)
明显低于
MSCT
nal stromal tumors in the upper gastrointestinal tract[J].
CLinl
的检出率
(90.91%)
;
MSCT
及内镜均存在部分漏检
Endosc,
2016, 49(3) :226-228.
率。进一步检查可知,漏检病理均为直径低于1
cm
[4] Miyazawa M, Matsuda M, Yano
et al .
Gastric adenocarci
的小脂肪瘤,原因可能为其直径较小,不是引起患者
noma of the fundic gland (chief cell-predominant type) : A re
临床症状的原因。因此对于直径低于
lcm
的胃脂
view of endoscopic and clinicopathological features[J].
World
肪瘤,检查医师的经验及操作或许也可能为造成漏
J Gastroenterol,
2016, 22(48) : 10523-10531.
[5] Cappell MS, Stevens CE, Amin M. Systematic review of giant
诊的主要原因[8]。本研究中以病理学检查为金标
gastric lipomas reported since 1980 and report of two new ca
准,对
MSCT
及内镜检查定性诊断胃脂肪瘤进行了
ses in a review of 117110 esophagogastroduodenoscopies[J].
比较,结果显示,内镜诊断胃脂肪瘤的准确率为
World J Gastroenterol ^
2017, 23(30) :5619-5633.
73.91%
,
MSCT
诊断的准确率
86.96%
,
MSCT
的准
[6] Sun F, Sun H, Mo
X, et al .
Increased survival rates in gastric
确率明显高于内镜检查。分析其原因可能为胃脂肪
cancer, with a narrowing gender gap and widening socioeco
nomic status gap: A period analysis from 1984 to 2013[J].
J
瘤多数起源于黏膜下层,仅有少数在浆膜下层[9],因
Gastroenterol Hepatol ^
2018» 33(4) :837-846.
此内镜检查时虽能够看到腔内隆起,但由于有黏膜
[7] Saponjski J, Stojanovich L, Petrovic J t
et al .
The role of
层覆盖,病变内部结构无法观测到,因此无法做出定
MSCT angiography in early detection of lower limb arterial le
性诊断•检出率较低。而
MSCT
分辨率高,可准确
sions in patients with antiphospholipid syndrome[Jl.
Immunol
识别病变内的脂肪成分,其影像学特征表现为,肿瘤
Res,
2017, 65(2):482-486.
[8] Yen H,Lin K,Chen C. Gastrointestinal: Gastric lipoma as a
起源于胃壁、突向胃腔内的占位病变,且病灶与正常
rare cause of recurrent gastrointestinal bleeding [ J ].
J
组织的边界清楚,边缘规整,多数病灶均为均匀低密
Gastroenterol Hepatol ^
2018, 33(4): 771.
度,增强扫描无强化特征。此外,
MSCT
同时能够
[9] Krishnaraj B, Dhanapal B, Shankar
Gt et al .
Gastric lipoma:
清晰的显示肿瘤与周围组织的解剖关系。因此,
a rare cause of haematemesis. [J].
Ann R Coll Surg Engl
,
MSCT
对胃脂肪瘤的定性诊断准确率较高。但两
2018, 100(3) :l-43.
种手段单独检测均存在漏诊的概率,目前临床研究
(
本文编辑:王沪湘)[收稿日期]
2019-09-18
(上接第184页)
[22] Zhou X,Wang W, Zhang S,
et al
.Cacnalb (cav2.2) overex
[20] Malik ural and functional annotation of human fam26f
:
pression and its association with clinicopathologic characteris
A multifaceted protein having a critical role in the immune sys-
tics and unfavorable prognosis in non-small cell lung cancer
tem
,
[JG. Gene
,
2017, 597:66-75.
[J].
Dis Markers,
2017, 2017:6136401.
[21] Suo A,Childers A,DSilva
A,
et
al
.
Cav3.1 overexpression is
[23] Zhang Z. Identification of trpcs genetic variants that modify
associated with negative characteristics and prognosis in non
risk for lung cancer based on the pathway and two-stage stud-
small cell lung cancer[J].
On
cotar get
2018, 9 (9
):
8573-
y, [J].
Meta Gene,
2016, 9:191-196.
8583.
(
本文编辑:詹道友)[收稿日期]
2021-0
卜
11
版权声明:本文标题:利用生物信息学分析CALHM2在非小细胞肺癌中的表达及临床意义 内容由网友自发贡献,该文观点仅代表作者本人, 转载请联系作者并注明出处:http://www.roclinux.cn/b/1714521638a683685.html, 本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容,一经查实,本站将立刻删除。
发表评论