admin 管理员组文章数量: 1184232
2024年4月13日发(作者：microsoftsqlserver2008是什么)
第
45
卷第
12
期
2222
年
12
月
贵州医科大学学报
JOURNAL
OF
GUIZHOU
MEDICAL
UNIVERSITY
Vol.4
5
No.1
2
2222
.
12
基于生物信息学的宫颈癌枢纽基因筛选及其与预后
的关系
* *
许修颖
，
龚荣府
，
杨娉娉
，
方文
…
(
贵州医科大学医学检验学院生化教研室
，
贵州贵阳
555054
)
［
扌摘
要
］
目的
：
运用生物信息学方法筛选宫颈癌
(CC
)
枢纽基因
，
并挖掘
CC
预后分析的潜在分子标志
。
方
法
：
选取基因表达数据库
(GEO
)
中
CC
表达数据集
，
利用
R
语言中的软件包筛选
CC
组织与正常宫颈组织中存
在的差异表达基因
(DEGs)
;并进行基因本体
(
GO
)
分析
、
基因组百科全书
(KEGG
)
通路分析、
蛋白质相互作用
(PPI)
网络构建
、
Cytoscape
软件寻找枢纽基因
、
The
Kaplan
Meier
plotter
网站绘制枢纽基因生存曲线图
，
采用肿瘤
基因组图谱
(TCGA
)
数据库的
UALCAN
在线数据库验证
CC
患者枢纽基因的表达
，
采用人类蛋白质图谱
(
HPA
)
数据库分析相关蛋白的免疫组织化学结果
。
结果
：
鉴定
219
个上调基因和
182
个下调基因
，KEGG
通路分析结
果显示差异表达基因主要富集在细胞周期
、
DNA
复制
、
卵母细胞减数分裂
、
p53
信号通路及花生四烯酸代谢等通
路;筛选出的枢纽基因
CDK1
、
K!F11
、
CCNB1
、
CDC45
及
CXCE8
在
CC
中表达上调
(P<0.05)
，
并与
CC
患者总体
生存率
(
OS)
相关
(P<0.05
),
同时在
TCGA
数据库中枢纽基因的表达趋势与
GEO
数据库中相同
(P<0.
01
),
免
疫组织化学法结果显示
CXCL8
未被检测到
，
CDK1
、
KIF11
、
CCNB1
及
CDC45
在
CC
组织中表达高于正常宫颈组
织
。
结论
：
筛选出
CDK1
、
KIF11
、
CCNB1
、
CDC45
及
CXCL8
等
5
个
CC
枢纽基因
，
其表达与
CC
的预后相关
。
［
关键词
］
宫颈肿瘤
；
计算生物学
；
预后
；差异表达基因；
枢纽基因
；
KEGG
通路
［
中图分类号
］
R73-31
［
文献标识码
］
A
［
文章编号
］
2096-8388(2020)
)
2-1382-8
DOI
：
10.
19367/j.
cudl.
2096-C33
8.2020.12.004
Screeeing
Hub
Genes
of
Cervicet
Cancer
Based
on
Bioinformatics
and
iis
Relahonship
with
Prvgnosis
XU
Xipyiny,
GONG
Rongfi
,
YANG
Piny/iny,
FANG
Wen
(
Department
of
CUnicaO
Biochemistry
,
Guizhou
Medical
University
,
Guiyaag
,
Guizhou
555004,
China
)
［
AbstrvcS
］
Objective
:
To
screen
cemicy1
cancer
(CC)
hub
genes
with
bmmformdtWs
methoOs
and
to
explore
potential
mohcular
marhers
for
proonostic
analysis
of
CC.
Methods
:
The
CC
expression
data
set
was
downloaned
from
the
gene
expression
omnidus
(GEO)
datanase
,
by
using
the
pachage
in
the
R
lanypage
to
screen
diPerential1y
expressed
genes
(DEGs)
from
CC
and
cemicy1
normal
lisspes
,
and
systematic
bioinformatics
analysis
of
DEGs
was
poformoe,
inclupiny
gene
oowlooy
(GO)
analysis
and
kyoto
excyclopediv
of
genes
and
genomes
(
KEGG
)
pathway
analysis
,
protein-crotein
interactions
(PPI)
networa
coustrhctiou.
The
cyUPupe
software
was
dppihd
to
search
fo
hup
genes
,
nd
the
Kdplan
Mder
plottee
wedsile
to
draw
hup
genes
spmiva1
curve
graphs.
In
aPdition
,
the
UALCAN
oo/ne
dataPase
based
on
the
cancer
genome
atlas
(TCGA)
dataPase
was
used
to
veefy
the
expression
of
pivotal
genes
in
patients
with
CC
,
and
the
human
protein
atlas
(
HPA
)
dataPase
to
analyze
the
immunoPistochemical
resplls
of
related proteins.
只^.
:
219
up-regulated
genes
and
152
down-
regulated
genes
were
identified.
KEGG
pathway
analysis
resplls
sPowed
that
DEGs
were
mainly
i
F
c
U
o
S
in
the
coll
cycle
,
DNA
mplicatiou
,
oocyte
meiosis
,
p53
signaliny
pathway
and
arachidonic
acid
metaPolism
and
other
pathways.
The
selected
hup
genes
CDK1
,
KIF11
,
CCNB1
,
CDC45
,
and
CXCLL
were
up-regulated
in
CC
(
P
<9.
25)
,
and
related
to
the
overall
sprymC
rale
(OS)
of
patients
*
［
基金项目
］
国家自然科学基金项目
(
81660481
)
*
*
通信作者
E-mCPfangwex©
gmc.
edr.
co
1822
6
期
许修颖等基于生物信息学的宫颈癌枢纽基因筛选及其与预后的关系
with
CC
(Pv5.25).
The
expressionai
trexks
of
the
pivot
pexes
in
the
TCGA
UataPase
were
the
same
as
in
the
GEO
UataPase-
ImmukoXistochemicai
resalts
sPoweU
that
CXCL8
was
not
UetecteU
,
ank
the
expressions
of
CDK1
,
KIS1
1
,
CCNB1
,
anU
CDC45
in
CC
tissaes
were
higUee
than
those
in
normai
cemicyt
tissaes
•
Conclusion
:
Five
huU
pexes
of
CC
,
cmiy
CDK
1
,
KI
Al
l
,
CCNE
1
,
CDC45
,
ank
CXCLL
are
screexeX
,
ank
theie
expressions
are
relateX
te
the
propnosis
cU
CC.
[Key
words
]
cervicai
cancer
(CC
)
;
computationai
bmiopy;
propnosis
;
—
^0
x
02
1
,
expresseX
pexes
(DEGs
)
；
huC
pexes
；
KEGG
pghway
据
2516
年世界卫生组织统计
，
宫颈癌
(
cmi-
基因作为治疗的靶标的研究并不全面
，本研究通过
cai
cancer,CC
)
是全球女性癌症发病率和死亡率均
位居第
4
位的癌症
［
1
］
o
随着医疗技术的提高
、
CC
分析
GEO
中
CC
的多个基因表达数据集,采用多
种生物信息学方法筛选调控
CC
的枢纽基因
，
并利
筛查的普及
、
生活方式的改变,
CC
发病呈年轻化趋
用肿瘤基因组图谱
(
We
cancer
pexome
atlas
；
TC-
势
［
2］
,研究发现
CC
仍然是
22
~39
岁女性癌症死
GA)
验证枢纽基因的表达
o
亡的第二大原因
［
7
］
o
在欠发达国家,
CC
的发病率
及死亡率过高
，
可能是因为筛查机会减少和人类乳
1
资料与方法
1.1
资料
从
GEO
(
https
：
/
Ccww.
ncCU
nlm.
nib.
poa/
jeo/
j
头状瘤病毒
(
humangapillomavims
；
HPV
)
疫苗的高
成本⑷。
因此
，
仍有必要寻找与
CC
早期诊断
、
治
疗和预后密切相关的靶点基因
。
近年来
，
越来越多
的研究人员将基因图谱和基因芯片应用于科学研
中筛选
CC
微阵列数据集
，
输入关键字
“
cemUal
究
［
］
，
认为大多数基因芯片或基因图谱数据只存
储在数据库中未被充分利用
,
重新分析这些数据可
为研究癌症提供新的方法⑷
，
研究人员利用生物
cancF'
,
选择"
s
C
o
”
、
“
home
sdniexs
”
、
“
expression
profiling
by
omy
”
，
最后得到
186
个
“
sin
”
。
通过
阅读摘要
，
本研究选择了
GSE6765,
GSEV/H
和
信息学方法分析肝细胞癌、
肺癌及乳腺癌等多种癌
GSE63512
作为数据来源
，
在基因表达谱中选择正
常宫颈
(
normai
cmix,NC)
组织
、
高级别鳞状上皮
内病变
(
higU
grape
spuamoxs
intraeqithedal
tesion
cP
症的治疗靶点
［
「
9
］
o
近期研究中
，
有学者通过分析
基因表达数据库
(
gexe
expression
omnibus,GEO
)
中
GSE153712
数据集
，
筛选出在宫颈癌组织中表达水
平明显增加的基因
，
并认为是宫颈癌治疗的靶
the
cemio
,
HSIL
)
、
宫颈上皮内瘤样病变
(
cemical
intraepitheliai
neoplasib
,
CH
)
及
CC
组织样本进行
后续分析
。
见表
lo
标
o
然而,只从一个数据集中筛选表达升高的
表
1
CC
相关数据信息
Tap,
1
Data
information
on
CC
数据集
GSE6803
平台
GPL66
GPL66
数据集包含样本信息
NC(
n
=
10
)
,
HSIL(
n
二
7
)
,
CC(
n
=21
)
本研究选择样本信息
NC
(
n
=
10
)
和
CC
(
n
=21
)
GSE6650
GSE6354
CC
(
n
=33
)
，
细胞株
(
n
=9
)
,NC
(
n
=24
)
NC(n=24)
和
CC(n
=
33
)
GPL560
NC(n=20)
,CIN(n=76)
,CC(n=23)
NC
(
n=24)
和
CC
(
n
=23
)
1.2
方法
1
2.
1
筛选差异基因
在
R
(
vesion
：
3.
6.
1
)
语言
环境下
，
R-Swuio
利用
GEOuuerplimmaggylotP
等
软件包处理
3
个数据集,根据表
1
中选择样本分组
后筛选出差异表达基因
。
定义差异基因的筛选标
准如下:
P<5.
05
,
且
I
log0FC
I
>6
获得差异基因
1
・
2
・
2
差异基因的富集分析
使用
UataPase
for
annotation
2ispalizatiop
ank
inteprated
Uiscevem
网站
(
DAVIO
,
Vision
:.
2
,
https
：
/CCoiU-U.
ncimm
gov/
j
阐
明相互作用基因的生物学过程和信号通路
［
I1oI2
］
o
通
过
DAVIO
在线分析的方式获得差异基因在基因本
体
(
gexe
ontolopy,
GO
)
与基因组百科全书
(
kyote
后,用火山图展现
3
个数据集的差异基因
，
取
3
个
数据集的差异基因交集
，
并用
VnrnDmpmm
软件包
绘制韦恩图
。
excyclopeXib
cP
pexes
ank
pexomes
,
KEGG
)
通路分
析中具体的富集情况
，
其中
GO
分析分为生物学过
程
、
细胞定位
CC
及分子功能
。
1883
贵州医科大学学报
45
卷
1.
2.
2
蛋白质相互作用
(
pmtWn-pmtWn
Interac-
达情况
。
1.2.2
人类蛋白质图谱
(
the
human
protein
atlas
,
tWns,PPI)
网络分析及筛选枢纽基因将差异基因
导入
STRING
数据库来绘制相互作用基因并构建
HPA)
数据库的分析
从
HPA
J
7
中分别调取
CC
和
NC
组织中的细胞周期蛋白依赖性激酶
1
(
eyelid
PPI
网络
［
17
］
，
将
PPI
网络数据导入
Cytoscape
软件
(Vision
:
.
0.0
)
，
利用
Cytoscape
插件
CytoHuUba
预
测和查找网络中的重要节点和子网络
，
采用
12
种
拓扌卜分析方法
，
包括
degree
pdge
percolated
compo-
dexendenl
Cinase
1,
CDK1
)
、
驱动蛋白家族成员
11
(
Cinesin
family
member
11,
KIF1
1
)
、
细胞周期蛋白
B1
(
eyelid
B1,CCNB1
)
、
细胞分裂周期蛋白
45
(cell
division
cycle
45,CDC45)
及
CXC
趋化因子配
体
8
(
c-c-c
motif
chemoOine
ligand
8
,
CXCL8
)
蛋白
nenl
(
EPC
)
、
maximum
neignborhooU
compooenl
(
MNC
)
、
density
of
maximum
neignborhooU
compo-
nenl
(DMNC
)
等
，
从每种方法中选择前
19
个基
因
，
计算所有选择出的基因在
12
种算法中的出现
的免疫组织化学结果
，
明确其在
CC
和
NC
组织中
的蛋白表达
。
次数
，
最终选取次数最多的前
19
个基因作为枢纽
基因
，
最终所有鉴定的枢纽基因被用来构建一个完
整的
PPI
网络
。
2
结果
2.1
差异基因的筛选
经
R-CtuPio
软件分析,分别从数据集
GSE7083
、
1.2.4
枢纽基因的筛选及表达
采用
The
Kaplan
Meiv
plottee
(http
：
//6mpho
coo^analysis/
6
网站在
线分析枢纽基因
,
数据来自于
TCGA
数据库的
宫颈癌
(
CC
：
n
=
374)
临床信息
,
筛选与
CC
总体生
GSE9755
及
GSE63712
中得到差异表达基因
760
、
1
454
及
3
012
个
，
其中上调差异基因分别为
393
、
785
及
1
88
。
个,下调差异基因分别为
367
、
669
及
1
57
个。
分别用火山图显示
3
个数据集差异基因
(图
1
),
全面系统地剖析
3
个数据集中的差异表达
基因
,
经过
VennDiaaram
软件包交集
3
个数据集差
存率
(
€0
x
0
1
sprvival
-
OS
)
相关的基因
。
UALCAN
(httu
：
4//alcan.
path
.
uaP
.
lu/)
是一个基于
TCGA
数据集
，
肿瘤基因表达分析的在线数据库
［
14
］
，
本研
究在
UALCAN
网站下载
TCGA
宫颈癌相关数据
异基因后获得
441
个共同差异表达基因
，
包括
219
个上调基因和
182
个下调基因(图
2
)
。
NC(n=3)
和
CC(n=375
),
并分析枢纽基因的表
2
0
待
>
1
屯
圏
|
5
0
1
5
-6
-4
-2
0
2
4
O
/F(
log/FC
GSE7803
C
4
GSE9750GSE63514
注:
A
为
GSE7803,
上调差异基因个数为
393,
下调差异基因个数为
367
；B
为
GSE9750,
上调差异基因个数为
775
,
下调差异基因个数为
666
；
C
为
GSE63714,
上调差异基因个数为
1
880,
下调差异基因个数为
1
187
；
蓝色为下调差异基因
,
红色为上调差异基因
，
黑色为无显著差异基因
。
图
1
9770
及
GSE63712
差异表达基因的火山图
Fig.
1
Volcano
plot
of
GSE783,GSE
9755,
and
GSE
63514
DEGs
2.2
差异基因的富集分析
肽酶活性
、
丝氨酸水解酶活性
、
细胞周期素依赖性
蛋白激酶调节活性及内肽酶活性(表
2)o
DEGs
的
GO
分析结果显示
，
DEGs
的细胞定位主要在
染色体
、
无膜细胞器
、
角质包膜及纺锤体中。
在生
KEGG
通路富集结果显示
，
细胞周期
、
DNA
复制
、
卵母细胞减数分裂
、
p53
信号通路及花生四烯酸代
谢是主要途径(表
3)o
物学过程的分析中
，
DEGs
与细胞周期
、
有丝分裂
细胞周期
、
细胞周期过程及
M
期有关;
DEGs
的分
子功能主要富集在丝氨酸型内肽酶活性
、
丝氨酸型
6
期
许修颖等基于生物信息学的宫颈癌枢纽基因筛选及其与预后的关系
GSE9750
GSE9750
上调差异基因
下调差异基因
注:绿色
、
蓝色及红色圆圈分别为
GSE7803
、
GSE9750
、
GSE63514
差异基因个数
。
图
2
上调和下调差异基因交集的韦恩图
Fig.
2
Veen
Uiapram
of
uu-repulation
ank
Uown-requlatiox
of
intersection
of
DEGs
表
2
差异基因的
GO
富集分析
Tap,
2
GO
eoricCmext
resalts
of
DEGs
基因功能
生物学过程
GO
编号
0022003
GO
注释
celt
cycle
phase
cell
cycle
基因数
56
77
52
62
48
P
6.51
xl0
「
35
2.
65
xl0
_2
6
0007046
0000273
mitotic
celt
cycle
celt
cycle
process
3.
10xl0
_2
0
3.02
xlO
-
43
4.
82
xlO
-
48
0022002
0000277
M
phase
细胞组分
0005664
0043232
0043223
0001533
chromosome
41
111
111
3.
64
xl0
_
6
6.
55
xlO-
6
6.
55
xlO-
6
1.93
xl0
-1
intracellulae
nox-memamne-2onnUeX
orpanelle
nox-memamne-2onnUeX
orpanelle
cornified
euvelope
spinkle
seFne-type
euUopepOUase
activity
seFne-type
peptiUase
activity
se
Fnc
hyCrolas
o
activity
11
22
17
00058162.
32xl0
「
11
分子功能
0004252
0008236
0017171
0016538
0004175
1.02
xl0
_
6
1.54
xl0
「
6
18
18
6
24
100
xl0
-
3.96
x6
-
4.00xl0
5
cyclin-hepeukeut
protein
kinase
reaulatoe
activity
enUopeptiUase
activity
表
3
差异基因的
KEGG
通路分析
Tap,
3
KEGG
pghway
analysis
of
DEGs
KEGG
通路
hsaU4114
:
Celt
cycle
hsaU3434
:
DNA
replicatiox
PPI
网络具有明显高于预期的交互作用
(
P
<
1.0x
15-
10
),
节点数为
398,
边缘数为
4
899o
经过
6
种
算法的计算
，
由于第
6
个基因与第
6
个基因在
基因数
26
P
6.
6
xl0
_1
6
6.
50xl07
1
3.
32xl0
-
6
种算法中出现次数相同
，
故本研究共筛选出
6
个枢纽基因
(
CDK6
KA
11
、
BUB1B
、
CCNB
1
、
CC
13
13
hsaU41
6
：
Oocyte
meiosis
hsaU4115
：
p53
sipnaling
pathway
hsaC
:
AmcCidonic
acib
mewUo/sm
6
8
6
5
4.
K
xlO
-
6.81
xl0
-
ND
1
2
CDC22
、
CDC45
、
CXCL8
、
ECT
2
、
ESR
1
及
7OP24,
表
4),
其中除了
ESR
1
和
CCND
1
基因在
CC
组织中表达下调外,其余基因表达上调
；
1
1
个
枢纽基因重新导入
string
数据库后构建
PPI
网
络显示蛋白间有较高的交互作用
(P
=
1
-
65
x
hsaU0983
.
Dme
metabolism
5.58
x6
「
3
6.
25
xl0
「
3
hsaU0591
:
Linoleic
acib
metabo/sm
2.3
枢纽基因的筛选及
PPI
网络构建
451
个
DEGs
被用于构建
PPI
网络
，
结果表明,
15
-4
,
图
3)o
655
贵州医科大学学报
45
卷
表
4
枢纽基因在
12
种算法中的出现次数
Tad.
4
Numbas
of
occxrrencas
of
huU
2.
2
枢纽基因的生存分析及
TCGA
数据库验证枢
纽基因的表达结果
genas
in
12
algorithms
基因名
CDK
)
KFl
)
BUBXB
在
The
Kaylan
Meier
plotter
网站中收录
304
例
重复次数
4
4
4
4
4
重复次数
7
6
基因名
CDC
45
CC
患者数据中
，
CDK1
、
KIF
1
1
、
CCNP1
、
CDC45
及
CXCL8
基因的表达水平对患者的总生存时间有着
显著影响
；
与低表达组相比
,
CDK1
、
KF1
1
、
CCVB1
CXCL8
5
5
ECT2
ESR)
CCNB
)
及
CDC45
高表达组的
CC
患者的总生存时间增高
CCND
)
CDC22
4
4
（
P<0.05
）
；
与低表达组相比
，
CXCZ8
高表达组的
T0P24
CC
患者的总生存时间明显降低
（
P
<0.001
,
图
4
）
0
UALCAN
分析结果表明
，
CDK1
、
KF1
1
、
CCNP1
、
CDC45
及
CXCL8
基因在
CC
组患者中表达较
NC
组明显上调
（
P<0.01
,
图
5
）
°
2.
2
HPA
数据库分析
HPA
数据库中
，
采用不同的免疫组织化学抗
体分析
NC
组织和
CC
组织的免疫组化结果及
5
种
蛋白在
CC
组肿瘤细胞及对照组宫颈细胞中的定
位（
表
5
）
,CDK1,KIL1
1
、
CCNB1
及
CDC45
蛋白相
对于
NC
细胞在
CC
肿瘤细胞中表达增加
，
但
CX-
CL8
蛋白在
CC
及
NC
组织中都未检测到
（
图
6
）,
证实
CDK1
、
KIF11
、
CCNB1
及
CDC45
蛋白在
CC
组
中较
NC
组织高表达
。
图
3
枢纽基因的
PP
(
网络
Fig-
4
PPI
networks
of
hub
genas
_低表达组
高表达组
.o
—
低表达组
亠高表达组
6
4
150
200
o
50
100
150
200
时间
/
月
CDK1
KIFll
CCNB1
—
低表达组
缶高表达组
&
<
、
^
肚
0
CDC45
50
100
150
200
时间
/
月
CXCES
图
4
枢纽基因高
、
低表达组
CC
患者预后的
Kaplan-Meier
分析
Fig.
2
Kaplan-Meier
analysis
of
ovaral
i
synivai
in
CC
pCWnts
with
huU
genas
high
and
Uw
1386
4
期
许修颖等基于生物信息学的宫颈癌枢纽基因筛选及其与预后的关系
80
60
40
20
0
150
型
—
25
O
⑴
一
：
o
20
15
10
5
o
o
o
O
一
丄
-50
-20
注:
(
(
1
与
NC
组比较
,P<4.
41
o
图
5
CC
组与
NC
组枢纽基因的表达
Fig.
2
The
expression
of
hup
genes
in
CC
and
NC
proups
表
5
CDK1
、
KIF11
、
CCNB1
、
CDC45
和
CXCL8
蛋白在
NC
及
CC
肿瘤细胞中表达
Tap.
2
蛋白名
CDK1
KIF11
CCNB
1
CDC45
The
expression of
CDK1
，
KIF11
,CCNB1
,CDC45
,
and
CXCL8
proteins
in
CC
and
NC
tumoe
cells
组织类型
NC
病人
dD
2004
284
抗体编号
HPA003387
HPA003387
定位
染色程度
腺细胞为
“
未检测到
”
，
鳞状细胞为
“
低
”
水平
细胞核
CC
NC
细胞质或胞膜
细胞质或胞膜
细胞质或胞膜
细胞核
肿瘤细胞为
“中
”
水平
腺细胞为
“
未检测到
”
，
鳞状细胞为“
中
”
水平
2005
284
HPA00568
HPA00568
CAB000
5
HPA06
448
HPA00064
HPA00064
HPA05779
HPA05779
CC
NC
肿瘤细胞为
“
高
”
水平
腺细胞为
“
未检测到
”
，
鳞状细胞为
“
低
”
水平
657
236
657
1
1
3
1
CC
NC
细胞质或胞膜
细胞核
细胞核
未知
未知
肿瘤细胞为
“
高
”
水平
腺细胞为
“
未检测到
”
，
鳞状细胞为
“
低
”
水平
CC
肿瘤细胞为
“中
”
水平
未检测到
未检测到
CXCL8
NC
4504
4530
CC
因此
，
仍有必要为
CC
的诊断和治疗寻找新的靶
3
讨论
cc
是一种高度侵袭性肿瘤
，
是女性癌症相关
点
。
CDK1
是一种蛋白质编码基因，
该基因编码的
蛋白质是
Ser/Thr
蛋白激酶家族的成员
。该蛋
白是高度保守的蛋白激酶复合物的催化亚基
，
被称
为
M
期促进因子
(
mCpC
Wo
pomotiny
factoe
,
死亡的主要原因之一
,2018
年全球估计有
57
万个
新增病例
,31.1
万人死亡
［
1
］
。
传统的治疗方式主
MPF
)
，对于真核细胞周期的
G1/S
和
G2/M
相变至
关重要
［
4
。
CDK1
已被确定为肺癌
、
乳腺癌和结直
肠癌患者潜在的临床靶点和预后生物标志物
［
9
。
要为手术和放疗
，
但中晚期
CC
单纯放疗效果差
，
患者
3
年生存率偏低
，
治疗效果仍不够理想［
8
。
贵州医科大学学报
45
卷
cm
NC
组
CDK1
KIF11
CCNB1
CDC45
CXCL8
图
6
CC
和
NC
组织相关蛋白的表达(免疫组织化学
，
x40
)
Fig.
2
The
expression
of
related
proteins
in
CC
and
NC
tissues
(
immunohistochemistro,
x
44
)
CDK1
在介导与
CC
进展相关的基因网络中起着全
面的作用
，
靶向
CDK1
或其相关途径的新疗法可能
有助于改善晚期
CC
的预后
卩
2
。
KIF11
是驱动蛋
侵袭
、
迁移和肿瘤微环境中以自分泌或旁分泌的方
式发挥着极其关键的作用
卩
2
。
在
CC
中
，
研究人
员直接探讨
CXCL8
在组织和细胞系中的表达状
况,并分析
CXCL8
表达与
CC
患者临床病理特征
白超家族的一员
，
这个蛋白质家族的成员已知参与
各种纺锤体动力学
，
该基因产物的功能包括细胞
的关系①
］
。
但在本研究中
，
利用
GEO
数据库本研
究筛选了
CXCL
8
等基因作为
CC
的枢纽基因
，
并且
在
TCGA
数据库中验证枢纽基因的表达去
GEO
数
有丝分裂过程中的染色体定位
、
中心体分离和双极
纺锤体建立
［
7
。
抑制
KIF1
1
能够引起细胞分裂紊
乱和细胞周期阻滞
，
最终导致细胞凋亡
，
此外
，
据库中一致,并探讨了枢纽基因对
CC
患者的总生
KIF1
1
能够调控轴突的分支和生长锥活性
，
研究表
明
KIF1
1
在多种恶性肿瘤中高表达并与预后相
存率的影响
，
这更有力地证明了
CXCL8
在
CC
中的
预后功能
。
本研究利用
GEO
数据库中
CC
表达微阵列
关
a
。
CCNB1
基因编码的蛋白是一种参与有丝
分裂的调节蛋白
，
其于正确控制细胞周期的
G2/M
GSE78
。
3
、
GSE9752
及
GSE63712
中的数据进行
转换期是必需的
［
5
］
。
CCNB
1
与
CDIK
结合形成成
熟促进因子
MPF,MPF
的激活是真核细胞启动有
DEGs
筛选
，
并对
DEGs
进行
GO
分析和
KEGG
通
路分析
，
这些基因的
GO
富集主要包括有丝分裂细
丝分裂必要条件
，
从而控制细胞周期进程
［
0
］
。
既
胞周期
、
细胞周期过程
、丝氨酸型内肽酶活性等;
往研究发现
CCNB1
的高水平表达与肝癌
、
乳腺癌
、
胰腺癌及胃癌患者预后相关
，
其可能的机制多认为
是抑制细胞增殖
、
迁移和侵袭
，
进而导致肿瘤的发
KEGG
信号通路主要富集在细胞周期
、
DNA
复制
、
卵母细胞减数分裂
、
P53
信号通路和花生四烯酸代
谢
。
通过
STRING
及
Cytoscape
软件筛选出
11
个
枢纽基因
（
CDK
1
、
KIF
11
、
BUB1B
、
CCNB1
、
CCND1
、
CDC2
2
、
CDC
45
、
CXCL8
、
ECT
2
、
ESR
1
及
T0P
2
A
）
，
且
生及发展
［
7
］
。
CDC45
编码的蛋白质是启动
DNA
复制所必需的蛋白质①
］。
CDC43
是高度保守的多
蛋白复合体的成员
，
其在真核生物中
DNA
复制的
利用
The
Kaplan
Meier
plottee
网站分析得出
5
个枢
早期步骤很重要
］
。
染色质免疫共沉淀
（
chmma-
纽基因
（
CDK
1
、
KIF
1
1
、
CCNB
1
、
CDC45
及
CXCL
8
）
tin
immunoprecipitation
,
Chid
）实验发现
CDC45
与
复制原点只在
S
期结合
，
同时这种结合需要
CDK
CC
患者总体生存率相关，
进一步在
TCGA
数据库
中验证了上述枢纽基因的表达水平
，
结果与
GEO
和
CDC7
的帮助
，
而
CDC43
在
S
期持续过程中远
离复制原点
㈤
］
。
CXCL8
是
CXC
趋化因子家族的
数据集的表达谱结果一致,并利用
HPA
数据库验
证以上五种基因编码的蛋白在
CC
中较正常宫颈
成员
，
是炎症反应的主要介质
，
负责中性粒细胞和
粒细胞向炎症部位的招募和激活
［71
］
。
在对癌症的
研究中
，
许多研究人员认为
CXCL
8
在肿瘤的增殖
、
组织的表达情况
，
结果显示除
CXCL8
蛋白外
，
其余
在肿瘤细胞中均呈表达上升水平
。
CXCL8
mRNA
在
CC
中表达增高但
CXCL8
蛋白未被检测到的原
1888
7
期
许修颖等基于生物信息学的宫颈癌枢纽基因筛选及其与预后的关系
sive
funckooal
analysis
of
Ui/e
geue
lists
[
J
].
Nucleic
Acids
Res
,
2009
,
37(1
)
：
1
-18.
因可能是因为转录后调控和翻译及翻译后调控
，
再
有就是
mRNA
的降解
、蛋白的降解、
修饰折叠等因
素导致
mRNA
丰度与蛋白表达水平不一致。
最后
综合分析发现
CXCZ8
mRNA
在
CC
患者中高表达
且
OS
较差
，
这表明高表达的
CXCZ8
与
CSCC
的预
[12]
HUANG
D
W
,
SHERMAN
B
T
,
LEMPICKI
R
A.
Sys
tematic
and
inteprative
analysis
of
Ui/e
geue
lists
usiny
DAVIN
bioinforma/cs
resources
[
J
]
.
Na-
Protcc
,
2009
,
4(1
)
：
44
-57.
后有关
。
综上所述,本研究通过运用多种生物信息学分
析方法筛选
CC
枢纽基因及信号通路
，
进一步对枢
[18]
SHANNON
P
,
MARKINL
A
,
OZINR
O
,
vt
al.
Cytc-
scape
:
a
software
euviroomeut
for
inteprateh
moOels
of
bi-
omoUcvUr
interackoo
networOs
[
J
].
Geuome
Res,
2003,
纽基因进行预后分析
，
挖掘
CC
预后分析的潜在分
13(11)
:
2498
-2504.
子标志
，最终鉴定了
5
个
CC
枢纽基因
，
分别为
CDK1
、
KF11
、
CCNB1
、
CDC45
及
CXCZ8
，
为
CC
治
疗及预后分析提供新的思路
。
4
参考文献
[1
]
BRAY
F
,
FERLAY
J
,
SOERJOMATARAM
I
,
vt
al.
GUOal
cancee
statistics
2218
:
GLOBOCAN
63011181
x
0
of
incideuce
and
mortality
worlPwide
for
36
cancers
in
185
countries
[
J
]
.
CA
Cancvs
J
C/n
,
2018,
68
(
6
)
:
394
-424.
[2
]
谢珊艳
，
任鹏.宫颈癌发病年轻化的趋势分析与相应
对策
[J
]
中医药管理杂志
，
2018
,
26(5
)
:
10
-12.
[3
]
SICGEL
R
L
,
MILLER
K
D,
JEMAL
A.
Cmcer
Plipics
,
2019[J
]
.
CA
Cancer
J
C/n
,
Z
。
/
,
66(
()
：
7
-34.
[4]
DE
MARTEL
C
,
PLUMMER
M
,
VIGNAT
J
,
vt
al.
Worldwide
burdeu
of
cancer
atWidutaUlv
tv
HPV
by
site
,
coonti/
and
HPV
type
[
J
]
.
In-
J
Cancee,
2017
,
14)
(4)
:
664
-670.
[5
]
VOGELSTEIN
B
,
PAPADOPOULOS
N
,
VELCULESCU
V
E
,
vt
al.
Cancee
geuome
Undscapes
[
J
]
.
Scieuce
,
2013,
339(6127)
:
1546
-
1555.
[6
]
YANG
W
,
ZHAO
X
,
HAN
Y
,
vt
ad
IdeutificmWo
O
huU
geuvs
and
therapextic
druus
in
esophapeal
squamous
cel-
carcinoma
based
oo
inteprateh
bioinforma/cs
sWate/
[J].
Cancer
Cell
-nt,
2019
,
19
：
142.
[7
]
孙东雷
，赵田禾
，
赵曼羽
，
等
.
脂肪酸合成酶作为癌
症治疗靶点的生物信息学分析
[J].
现代预防医学
2020,
47(3
)
：
508
-513,
2
2).
[8
]
石旦
，
徐斌，蒋敬庭.
MEZKmRNA
表达水平在非小细
胞肺癌患者中的预后价值
[J].
临床检验杂志
，
2020
,
38(5)
:
389
-394.
[9
]
罗何三
，
吴盛喜
，
许鸿鹞
，
等.基于
TCGA
数据乳腺癌
组织
UBE2T
表达临床意义分析
[J
].
中华肿瘤防治杂
志
2017
,
20(18
)
:
90)
-905,21).
[
0
]
毛建英
，
袁海涵.宫颈癌进展的生物信息学研究
[J
]
内蒙古医科大学学报
，
2020
,
42(
()
：
20
-23.
[11
]
HUANG
D
W
,
SHERMAN
B
T
,
LEMPICKI
R
A.
Bioin-
forma/cs
eurichmeut
tools
:
paths
towarO
the
compreheu-
[14]
CHIN
C
H,
CHEN
S
H,
WUHH,
etab
CytoHuUba
：
g
-6
x
00
—
hub
oOjects
and
suU-cetworOs
from
complex
in-
teractome
[
J
].
BMC
SyP
Biol,
2014,
8
(Suppl
4)
:
SI).
[15]
NAGY
?
,
LANCZKY
A
,
MENYHART
O
,
et
al.
Va/da-
tioo
of
miRNA
proonostic
power
in
hepatocellular
carcino
ma
usiny
expressioo
data
of
indepeudeut
datasets]
J]
.
S
x
-
Rep,
2018,
8(1
)
：
9227.
[
16
]
CHANDRASHEKAR
D
S
，
BASHEL
B
，
BALASUBRA
MANYAS
A
H
,
et
al.
UALCAN
:
a
portal
for
fUci/w/ny
tumor
subgroup
gene
expressioo
and
survival
analyses]
J]
.
NxoUPa
(New
YorO
,
NY
)
,
2017,
19(8
)
:
649
-658.
[17]
UHLEN
M
,
ZHANG
C
,
LEE
S
,
et
al.
A
patholo/
atlas
or
the
human
cancer
Wanscriptome
[
J
].
Scieuce,
2017,
357(6352
)
:
2507.
[18
]
韦蒙专
，
陈绍俊
，
黄海欣
.
中晚期宫颈癌综合治疗模
式的研究现状和进展
[J].
中国肿瘤
，
2019,28(6
)
：
455
-494.
[
17
]
MALUMBRES
M.
Cyclin-hepeudeu-
Sinases
[J
]
.
Geuome
BioU/
,
2014
,
15(6
)
:
172.
[20]
KISHIMOTO
T.
MPF-hmeh
meiotiv
cell
cyclo
cootroi
:
halU
a
centui/
of
Ussoos
from
starfish
oocytes
[
J
].
Proc
Jpn
Acad
Ses
B
Phys
Biol
S
c
R
2018,94(4)
：180
-203.
[2
、
]
LIM,
HE
F
,
ZHANGZ
,
et
al.
CDK
)
teeeetatapoiec
Wai
proonostic
biomarUer
and
tai/et
for
luny
cancer
[
J
].
The
Jou/ial
of
intema/oopi
mehicai
research
,
2020,
44
(2)
：
750.
[22]
LUO
Y
,
WU
Y
,
PENG
Y
,
et
al.
SyPembic
analysis
tv
1/60^
a
Sep
role
of
CDK)
in
mehia/ny
geue
interackoo
networOs
in
cervicaldeveUpmeut
[
J
].
Irish
Jopr-
nai
of
Mehicai
Science
,
2016
,
185(
、
)
:
23)
-239.
[23]
DAIGO
K
,
TAKANO
A
,
THANG
P
M
,
et
al.
ChmmWm
izatioo
of
KF)
、as
a
novel
proonoshv
biomarUer
and
ther-
apextic
tai/et
£0
oral
cancer
[
J
]
.
In-
f
Oncol,
2018
,
52
(1
)
：
155
-165.
[24]
LIN
L
,
LIN
X
,
MARE
M
,
et
al.
Overexpressioo
of
Eg5
correlates
with
high
graUe
astrocytic
neopUsm
[
J
].
Jopr-
nai
or
Nexro-OnccU/,
2016
,
126(
、
)
:
77
-
80.
(下转第
1405
页)
1859
12
期
秦倩等贵州部分中学生心理虐待和攻击性行为的相关分析
［
10
］
程洁,刘浩浩
，
尹忠泽
.
小学生心理虐待和忽视对孤独
［
3
］
刘霞
，
张跃兵,张国华
，
等
.
济宁市农村初中生攻击性
行为与家庭环境的关系
［
〕
］
•
中国预防医学杂志
，
2017
,
18(8
)
:
577
-576.
［
4
］
李丹阳
，
王殿玺
，
李德
•
中国澳门中学生攻击行为及影
感的影响:情绪调节自我效能感的中介作用
［
J
］
中
小学心理健康教育
,2020(1
)
：
9
-18.
［
、
］
方永慈
•
中学生父母控制
、
应对方式与攻击行为的关
响因素分析
［
］
•
中国学校卫生
,2019
,
40(1
、
)
：
1682
-1685
．
系
［
］
•
中国健康心理学杂志
，
2019
,
27(12
)
：
1875
-1879
．
［
12
］
韩美玲
，
高志勇
，
曲海英
.
儿童期心理虐待
、
自尊状态
［
5
］
李佳圆
，
谭千保
.
从累积生态风险的视角关注青少年
攻击行为
［
〕
］
•
中小学心理健康教育
,2020(2
)
：
8
-12
．
［
6
］
冯帮.地方政府推进校园欺凌治理的政策与反思
一一
对烟台市某医学院学生攻击行为的影响
［
J
］
医学与
社会
,2018
,
3)(8
)
：
74
-
77.
［
13
］
陈亮,王彦东，
李焰
.
儿童期心理虐待对大学生网络欺
基于
2
个地区校园欺凌政策文本的分析
［
］
•
教育理
论与实践
,2019
,
39(28
)
:
27
-3).
［
7
］
凌态度的影响:公正世界信念和特质感恩的中介作用
［
J
］
.
中国临床心理学杂志
,2020(1
)
：
152
-1562
［
14
］
MWAKANYAMALE
A
A,
YILHEN
Y.
Psychological
RB
J
,
AARON
R,B
N
J
,
et
ai.
Agreement
between
prv-
spective
and
mWospective
measures
of
childdood
maltreat
ment
:
a
systematic
review
and
meta-pnagsis.
［
J
］
.
JAMA
Ppchmtm,2019
,
76(6)
•
maltreatment
and
its
relationship
with
self-esteem
and
psychological
stress
amoxy
adoUsceuts
in
Tanzania
:
a
community
base/,
cross-sectional
stuUy
［
J
］
.
BMC
Psychi-
［
8
］
梁凤华，
翁港风.中学生关系攻击行为:道德推脱的预
bm,
2019,
19(
、
)
：
176.
测作用
［
〕
］
•
心理技术与应用
，
2017
,
7(3
)
：
149
-157．
［
5］
李永慧.希望特质团体心理辅导对大学生考试焦虑干
预效果研究
［
J
］
.
中国临床心理学杂志
,2019,
27(1
)
：
206-2092
［
9
］
刘俊升
，
周颖
，
顾文瑜
.
Buss-Cerrg
攻击性量表在青少
年中的初步修订
［
J
］
.
中国临床心理学杂志
，
2009
,
17
(4)
:
449
-45)
2
(2020-09-03
收稿
,2020-1
)-
—
5
修回)
中文编辑
：
刘
平
；
英文编辑
：
张启芳
(上接第
1839
页)
[25]
WANG
F
,
CHEN
X
,
YUX
,
et
cP
DegraPatiox
of
CC-
NBl
mePiateh
by
APC)
1
throuph
UBA55
uPi/uiUna/ox
of
the
Uniteh
States
of
America
,
2015,
112(3)
：
249
-
258.
[
30
]
MOYERSE
,
LEWLSPW
,
BOTCHANM
R2LtoUaenodo
the
Cdk5/Mcm0
-
7
/
GINS
(CMG
)
complep
,
a
cmdiPatv
promotes
cell
cycle
progression
and
proXfera/ox
of
non
small
cell
luny
cancer
cells
[
J
].
American
Journal
of
Translational
Research
,
2019,
1)(11)
：
2177
-7185.
for
the
euPamotic
DNA
replica/ox
fork
helicase
[
J
].
Pm-
ceePiny/
of
the
National
AcaPemy
of
Sciences
of
the
Unite/
States
of
America
,
2204,
103(27
)
:
10237
-
102012
[31
]
BAGGIELINI
M
・
CXC£8-
Che
First
ChemOine
[
J
]
•
FeodeLmmudoe
,
2015
,
6
：
2852
[26]
贾未玲
，
于淼
.
C
aB)
*
与肿瘤细胞周期调控
[J].
哈尔
滨商业大学学报(自然科学版)
,
2017
,
32(6
)
:
655
-
677.
[27]
杨生辉
，
黄琰菁
，
邱纯
，
等.基于数据库探讨细胞周
期蛋白
Bl(CCVBl)
表达对胃癌预后的影响
[J].
中国
数字医学
，
2020
,
15(1
)
：
37
-44.
[28
]
KURNINWAN
F
,
SHI
K
,
KURAHASHI
K
,
et
cP
Cry/-
[32
]
LIN
Q
,
LI
A
,
TIEN
Y
,
et
ad
The
CXC
厶
8
CXCR
1/2
pathways
in
cancer
[
J
]
.
Cytodine
Growth
Factor
Rev
,
2016
,
31
：
61-712
tai
structure
of
enWmoeha
histolytica
Cdc45
supgests
a
[33
]
YAN
R
,
SHUAI
H
,
LUO
X
,
et
cP
The
clinical
md
conforma/oxal
switch
that
may
regulate
dna
rep/ca/ox
[J].
iScience,
2018
：
102
-149.
[
29
]
PETOJEV
LC
T
,
PESAVENTO
JJ
,
COSTA
A
,
eeaU
prognos/e
value
of
CXCL8
in
cervical
carcinoma
pa/ents
:
immunohistochemicxi
analysis
[
J
]
.
Bioscieuce
Reports
,
2017
，
37
(
5
)
：
BSR201710212
Cdck5
(
cell
division
cycle
protein
45
)
/ards
We
gate
of
the
(
2020-08-23
收稿
，
2020-11-13
修回)
euPaiyote
mpUsome
helicase
stmiliziny
UaPiny
sPmd
en
gagement
-
J]
2
Proceehinys
of
We
Nadonct
Academy
of
ences
中文编辑
：
严
征
；
英文编辑
：
丁廷森
1445
版权声明：本文标题：基于生物信息学的宫颈癌枢纽基因筛选及其与预后的关系 内容由网友自发贡献，该文观点仅代表作者本人， 转载请联系作者并注明出处：http://www.roclinux.cn/p/1712952975a614030.html， 本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容，一经查实，本站将立刻删除。
发表评论